W odpowiedzi ze stycznia 2010 r. resort sprawiedliwości tłumaczył, że istnienie dużej nadwyżki w stosunku do wydatków rocznych KRK jest podyktowane troską o zabezpieczanie finansów tej instytucji i zapewnieniem jej stabilności. Mimo że w poszczególnych latach wydatki Rejestru kształtowały się na różnym poziomie, to, jak zauważa Rzecznik, opłata pozostała niezmienna i wynosiła wówczas 50 zł.
Zdaniem Rzecznika odpowiedź z Ministerstwa Sprawiedliwości nasuwa wnioski, że zmienne wydatki powinny wymuszać istnienie różnej wysokości opłat, ponadto ciężar finansowania KRK, działającego w przeważającej mierze na rzecz podmiotów publicznych, spoczywa głównie na osobach prywatnych, które w dodatku często są w trudnej sytuacji materialnej i szukają pracy, co zdaniem RPO godzi w podstawowe założenia demokratycznego państwa. Nie zmieniły tego częściowe obniżki opłat za zaświadczenia o niekaralności wprowadzane przez kolejnych Ministrów Sprawiedliwości.
Rzecznik zwraca też uwagę, że w przypadku informacji publicznej opłata stanowi wyjątek, a przy KRK jest regułą, co sprawia, że obywatel ma większą swobodę w zasięganiu informacji o działaniu państwa i organów publicznych, niż o sobie samym. Ponadto opłata należy się za dokument poświadczający, że respektuje normy prawa i korzysta z pełni praw publicznych.
Przy okazji zaświadczeń o niekaralności pojawia się też jeszcze jeden problem dotyczący praktycznego funkcjonowania Krajowego Rejestru Karnego. Chodzi o rozpowszechnioną praktykę wprowadzania przez pracodawców wymogu przedstawiania dokumentu z KRK przez pracowników lub kandydatów do pracy. Tymczasem RPO zwraca uwagę, że takie zaświadczenie zgodnie z Kodeksem pracy jest potrzebne tylko przy niektórych zawodach, stanowiskach lub działalnościach, i w tych nielicznych przypadkach to pracodawca powinien wystąpić do KRK o udostępnienie informacji z rejestru. Problem w tym, że w większości przypadków mamy do czynienia z niezgodną z prawem praktyką pracodawców, którzy nie są uprawnieni do przetwarzania informacji z Rejestru i bezpodstawnie domagają się zaświadczenia o niekaralności. Co więcej, przerzucają obowiązek uzyskania stosownego dokumentu na pracownika. - Powyższe działania mogą prowadzić do naruszenia sfery prywatności osoby zatrudnionej lub ubiegającej się o pracę, ograniczają też jej prawa i wolności – zwraca uwagę Rzecznik.
W związku z tym Rzecznik zwrócił się do Ministra Sprawiedliwości z prośbą o podjęcie kroków legislacyjnych zmierzających do rozwiązania wskazanych problemów – zarówno w zakresie odpłatności tzw. zaświadczeń o niekaralności, jak i w zakresie wyeliminowania obecnych na rynku pracy praktyk godzących w prawo do prywatności jednostki.
