Kierowana przez Seehofera CSU - koalicjant CDU Angeli Merkel, zanotowała w wyborach w Bawarii, które odbyły się w ostatnim miesiącu najgorszy wynik od 1950 roku.
Wcześniej odejście ze stanowiska przewodniczącej CDU zapowiedziała Angela Merkel, która kieruje chadekami od 18 lat. Merkel w grudniu nie będzie ubiegała się o kolejną kadencję na stanowisku szefowej CDU. Jej decyzja również była efektem słabych wyników osiąganych przez CDU w wyborach lokalnych.
Seehofer - jak wynika z informacji Reutersa - zamierza również odejść ze stanowiska szefa MSW przed wyborami w 2021 roku, co - jak zauważa agencja - uczyniłoby koalicję CDU-SPD bardziej stabilną.
Tzw. Wielką Koalicją wstrząsały w tej kadencji Bundestagu spory dotyczące polityki imigracyjnej. Seehofer był zwolennikiem zaostrzania polityki imigracyjnej, groził nawet zamknięciem granicy z Austrią, na co nie zgadzało się SPD.
Jego działania traktowano jako chęć powstrzymania wzrostu popularności w Bawarii antyimigranckiej AfD. Ostatecznie jednak CSU i tak straciło większość w parlamencie Bawarii i musiało stworzyć koalicję z Wolnymi Wyborcami. CSU straciła poparcie na rzecz AfD i Zielonych.