Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej (dyrektor KIS) w interpretacji z 29 stycznia 2019 r. (sygn. 0112-KDIL1-2.4012.737. 2018.2.JO) rozstrzygnął kwestię zasad opodatkowania VAT przy sprzedaży ulepszonego budynku oraz prawa do odliczenia VAT od wydatków poniesionych na ulepszenie. Gmina będąca wnioskodawcą w 2011 r. utworzyła ośrodek edukacyjny, działający w formie jednostki budżetowej, wykonujący jej zadania własne z zakresu oświaty.
Czytaj też: Zwolnienie z VAT dostawy działki, na której znajdują się instalacje przesyłowe oraz inne budowle
Wnioskodawca udostępnił nieodpłatnie ośrodkowi budynek nabyty w drodze komunalizacji, który był wykorzystywany wcześniej na potrzeby szkoły podstawowej, a także organizacji pozarządowych zajmujących się rozwojem świadomości ekologicznej. Budynek od momentu nabycia go przez gminę był wykorzystywany wyłącznie do realizacji jej zadań własnych. W 2011 r. wnioskodawca zrealizował projekt modernizacji obiektu dofinansowany ze środków unijnych. Gmina poniosła wydatki na rozbudowę, remont oraz doposażenie budynku w wysokości przekraczającej kwotę 2 mln zł. W ramach inwestycji utworzone zostały również miejsca noclegowe, z których mogły każdorazowo za odpłatnością korzystać osoby uczestniczące w prowadzonych przez ośrodek zajęciach. Wydatki na ulepszenie budynku przekroczyły 30% wartości początkowej budynku sprzed ulepszenia, tj. 171 tys. zł.
Ośrodek w okresie od dnia utworzenia do dnia podjęcia przez gminę scentralizowanych rozliczeń VAT korzystał ze zwolnienia podmiotowego z opodatkowania, o którym mowa w art. 113 ust. 1 ustawy o VAT, w konsekwencji czego nie odprowadzał on na rzecz urzędu skarbowego VAT należnego z tytułu świadczonych usług noclegowych. Sytuacja uległa zmianie począwszy od dnia 1 stycznia 2017 r., gdy gmina w składanych przez siebie scentralizowanych deklaracjach VAT, zaczęła wykazywać podatek należny z tytułu świadczenia przy pomocy budynku ośrodka usług noclegowych. W październiku 2017 r. gmina podjęła decyzję o likwidacji ośrodka oraz zbyciu wykorzystywanego przez niego budynku.
We wniosku gmina zadała pytania, czy fakt wykorzystania przez gminę budynku po zakończeniu inwestycji na cele publicznoprawne oraz zmiana od dnia 1 stycznia 2017 r. sposobu jego wykorzystania, w zakresie świadczenia usług noclegowych podlegających opodatkowaniu VAT, spowodowała powstanie po stronie gminy prawa do częściowego odliczenia VAT od poniesionych wydatków, jak również czy transakcja zbycia budynku będzie korzystać ze zwolnienia od VAT.