Większości wyborców ulgi podatkowe kojarzą się dobrze, jednak w rzeczywistości mogą stanowić ograniczenie wolności gospodarczej i negatywnie wpływać na wzrost gospodarczy w podobny sposób jak dotacje. Po pierwsze, negatywnie wpływają one na obywateli, którzy z nich nie korzystają. Ponoszone przez nich obciążenia muszą wzrosnąć, aby dało się sfinansować preferencje dla wybranych. Po drugie, niewłaściwie skonstruowane preferencje tworzą złe bodźce, wpychając ludzi w różnego rodzaju pułapki, przez co mogą szkodzić samym beneficjentom.
Preferencje dla wybranych niemal zawsze oznaczają wyższe podatki dla pozostałych, niezależnie od tego, czy przyjmują formę dotacji, czy ulg podatkowych. Kiedy państwo wprowadza nowe wydatki, mało kto się łudzi, że nie przełoży się to na wzrost podatków potrzebnych do ich sfinansowania i zwiększenie roli państwa. Ulgi podatkowe nie niosą już za sobą tak jednoznacznych skojarzeń, bo przecież oznaczają niższe podatki, czyli na pozór mniej państwowego interwencjonizmu. W rzeczywistości jednak – przy założeniu niezmienionych wydatków – państwo, aby pokryć ubytek dochodów spowodowany preferencjami, musi podnieść podatki dla pozostałych (albo zwiększyć zadłużenie). Efekt netto jest więc niemal identyczny – uprzywilejowani dostają dotacje albo płacą niższe podatki, natomiast pozostali muszą zapłacić więcej. Dlatego też charakter preferencji podatkowych dobrze oddaje ich angielska nazwa „tax expendtiure" wprost zaliczająca je do wydatków państwa.
Nieprzemyślane ulgi i dotacje mogą negatywnie wpływać na samych beneficjentów, tworząc pułapki socjalne i ograniczając rozwój firm. Mimo że wiele takich błędnych konstrukcji funkcjonuje w Polsce od dawna, obecny rząd tworzy kolejne. Być może największą pułapką socjalną są symboliczne składki KRUS, które zniechęcają rolników do podejmowania lepiej płatnej i bardziej perspektywicznej, ale o wiele wyżej opodatkowanej i oskładkowanej pracy w innych sektorach.
Wśród nowych pułapek trzeba wskazać przede wszystkim program „500+" oraz obniżony CIT dla małych firm. W pierwszym przypadku przekroczenie powyżej progu dochodowego o złotówkę powoduje utratę świadczenia na pierwsze dziecko, co sprawia, że dla części gorzej wykształconych kobiet legalna praca na część etatu traci sens. Oznacza to nie tylko spadek zatrudnienia tu i teraz (według szacunków IBS w pierwszym roku trwania programu spowodował on spadek zatrudnienia kobiet o 91–103 tys. osób), lecz także odcina je od rynku pracy, sprawiając, że w przyszłości będą miały problemy z powrotem do aktywności zawodowej.
W drugim przypadku przekroczenie przez firmę progu przychodów o złotówkę powoduje skokowy wzrost podatku, ponieważ cały zysk (a nie tylko część powyżej progu podatkowego) zostaje objęty stawką 19% zamiast 9%. W efekcie firma, przekraczając ustawowy próg, odnotuje spadek zysku netto, mimo że jej sprzedaż się zwiększy. Doświadczenia ze świata pokazują, że firmy reagują na takie bariery, ograniczając swój wzrost, ukrywając część działalności w szarej strefie lub sztucznie dzieląc się na mniejsze podmioty, co niepotrzebnie podnosi koszty administracyjne.
