Wywodzący się z Bractwa Muzułmańskiego prezydent Mohamed Mursi przez kilka miesięcy rządzenia radził sobie zaskakująco dobrze. Skutecznie ograniczył nawet wpływy Najwyższej Rady Sił Zbrojnych, zwalniając jej szefa marszałka Mohameda Tantawiego, który był bliskim współpracownikiem obalonego w zeszłym roku dyktatora Hosniego Mubaraka.

Mursi udatnie balansował w sprawach międzynarodowych, a nawet pozytywnie zaskoczył miejscowych chrześcijan, Koptów, zapraszając do pałacu prezydenckiego kilku chrześcijańskich doradców, co było nie do pomyślenia za Mubaraka. Wydawało się, że starcie z armią było najtrudniejszym wyzwaniem. Jednak przeszkodą nie do przejścia okazał się wymiar sprawiedliwości, w znaczniej mierze nienaruszony od czasów dyktatury. Także prokurator generalny Abdel Meguid Mahmud był mianowany przez Mubaraka. A ostatnio doprowadzał do furii nie tylko Bractwo, ale i uczestniczących w obalaniu dyktatora liberałów, bo identyfikowano go z ułaskawieniami oskarżonych o krwawe dławienie rewolucji. W sobotę się okazało, że Mahmud sam nie chce ustąpić, choć ponoć obiecywał, a Mursi nie ma kompetencji, by go zwolnić.

Drugi cios dla Mursiego nadszedł od nieudzielającego się od dawna duchowego przywódcy Bractwa Mohameda Badii. Oskarżył on Izrael o bezczeszczenie świętych miejsc i wezwał do dżihadu w celu oswobodzenia Jerozolimy. Taki apel może zaszkodzić budowanemu misternie wizerunkowi Bractwa jako organizacji umiarkowanej i niezagrażającej stabilizacji w regionie. Organizacje żydowskie wezwały Waszyngton do potępienia wypowiedzi Badii.