Podczas kolejnej wojny, w 1971 roku, zyskał uznanie dowódców jako ten, który potrafi utrzymać się na posterunku nawet pod silnym ostrzałem artylerii. Porażkę przyjął jako osobistą klęskę. – Płakałem, gdy Pakistan ogłosił kapitulację – wyznał po latach. Szybko piął się po szczeblach kariery, ale mało kto się spodziewał, że zajdzie tak wysoko. W przeciwieństwie do większości oficerów pakistańskiej armii nie pochodzi z Pendżabu, tylko z prowincji Sindh. Jak na ironię właśnie to miało zdecydować, że premier Nawaz Szarif mianował go w 1998 roku szefem sztabu generalnego. Miał nadzieję, że nowy dowódca nie zdobędzie w armii wystarczającego poparcia i nie pójdzie w ślady poprzedników, którzy siłą przejmowali władzę.
Pierwsza konfrontacja między wojskiem a rządem pokazała, że premier się przeliczył. Kiedy w 1999 roku doszło do pakistańsko-indyjskiego konfliktu w Kaszmirze, Szarif próbował usunąć Muszarrafa ze stanowiska. Armia stanęła jednak murem za swym dowódcą. Premier został wygnany z kraju, a Muszarraf przejął władzę i ogłosił się prezydentem. Zalegalizował władzę dzięki poparciu parlamentu, któremu obiecał, że do 2004 roku zrzuci mundur. Słowa nie dotrzymał. Kolejną taką obietnicę złożył przed zwycięskimi wyborami prezydenckimi na początku października 2007 r. Z funkcji szefa sztabu miał zrezygnować przed złożeniem przysięgi 15 listopada.
Muszarraf poparł amerykańską inwazję na Afganistan, a w styczniu 2002 roku otwarcie wypowiedział ekstremistom wojnę. Od tamtej pory islamiści robią wszystko, by go zabić. Kilka razy prawie im się to udało. Na drodze prezydenta ustawiano samochody-pułapki, wysyłano zamachowców-samobójców, strzelano do jego samolotu. Kiedy w lipcu 2007 roku kazał armii rozprawić się z ekstremistami okupującymi Czerwony Meczet w Islamabadzie, o zabicie pakistańskiego prezydenta apelował sam przywódca al Kaidy Osama bin Laden.
Obalić 64-letniego Muszarrafa próbuje również opozycja, która składa do sądów kolejne skargi na niezgodne z konstytucją postępowanie prezydenta. Dopiero pod naciskiem USA Muszarraf zgodził się podzielić władzą z byłą premier Benazir Bhutto i pozwolił jej na powrót z emigracji.
lor