Traktat lizboński likwiduje podział struktury Unii Europejskiej na trzy odrębne filary. Mimo to poszczególne sfery współpracy, przede wszystkim te związane z tradycyjnie pojmowaną suwerennością państwową, nadal zachowują daleko idącą odrębność. W dziedzinie bezpieczeństwa wewnętrznego traktat tylko częściowo ogranicza panującą obecnie zasadę jednomyślności.
W obecnym stanie prawnym mamy do czynienia z dwoma podstawowymi traktatami (traktat ustanawiający Wspólnotę Europejską i traktat o Unii Europejskiej), jedną podmiotowością prawną i trzema filarami funkcjonowania Unii. Odważny zamysł traktatu konstytucyjnego miał zredukować liczbę każdego z tych czynników do jednego; miał obowiązywać jeden traktat, ustanawiający jedną osobowość prawną i funkcjonujący w ramach spójnych zasad, które można – stosując obecną terminologię – określić jako jeden filar.
Pozostawiając z boku historyczny przebieg wydarzeń związanych z traktatem konstytucyjnym, należy powiedzieć, że wynik obecnie planowanych zmian jest nieco inny. Mamy do czynienia z jedną osobowością prawną i zniesieniem filarów. Strukturę Unii będą jednak kształtować dwa – co prawda ściśle powiązane – traktaty: traktat o Unii Europejskiej i traktat o funkcjonowaniu Unii Europejskiej. Ten pierwszy wśród naczelnych zadań Unii wymienia zapewnienie obywatelom wolności, bezpieczeństwa i sprawiedliwości. Priorytet ten wymieniono nawet przed wspólnym rynkiem czy współpracą gospodarczą.
Szczegóły dotyczące bezpieczeństwa wewnętrznego uregulowane są wraz z innymi zagadnieniami w ob-szernym traktacie o funkcjonowaniu Unii. W przeciwieństwie do obecnej zasady jednomyślności w części z nich zastosowano zwykłą procedurę legislacyjną opartą na większości kwalifikowanej w Radzie i pełnoprawnym udziale Parlamentu Europejskiego. Jest to istotna zmiana, tym bardziej że w ramach tej procedury podejmowane będą decyzje dotyczące m.in. gromadzenia, przetwarzania, analizy i wymiany informacji niezbędnych do zwalczania przestępczości. Tego typu inicjatywy stanowią znaczną część obecnych prac Unii mających usprawnić współpracę organów ścigania. Za przykład można podać włączenie do prawa Unii traktatu z Prüm, umożliwiającego państwom wzajemny dostęp do baz DNA i danych daktyloskopijnych. Dotychczasowe prace toczyły się na zasadzie zgody wszystkich 27 państw członkowskich. Gdyby decyzję podejmowano po wejściu w życie traktatu lizbońskiego, jednomyślność nie byłaby już potrzebna. Musiano by natomiast uwzględnić stanowisko Parlamentu Europejskiego. Podobny mechanizm decyzyjny zostanie zastosowany w stosunku do innych dziedzin współpracy policyjnej: wymiany i szkolenia personelu, standaryzacji sprzętu oraz badań naukowych.
Zwykła procedura legislacyjna będzie też stosowana w wypadku zmian w strukturze lub nadawania nowych zadań Europolowi. Odnosząc się do tej instytucji, wyraźnie podkreślono, że jakiekolwiek działania operacyjne muszą się odbywać w porozumieniu i za zgodą zainteresowanego państwa. Funkcjonariusze Europolu nie mają prawa stosowania środków przymusu. Jest to zgodne z założeniem traktatu, iż jego przepisy dotyczące współpracy policyjnej w żaden sposób nie wpływają na realizację przez państwa ich własnych zadań związanych z zachowaniem prawa, zapewnieniem porządku oraz ochrony bezpieczeństwa wewnętrznego.
