W niedzielę wieczorem na bardzo popularnej stronie interenetowej arabskojęzycznego dziennika „Al-Ahram" (najstarszej rządowej gazety w kraju) ukazała się informacja, że nakaz aresztowania Mursiego na 15 dni wydał prokurator generalny. W tekście, który pojawił się również w poniedziałkowym wydaniu w wersji papierowej, była też mowa o tym, że Mursiemu postawiono zarzut szpiegostwa i nawoływania do przemocy. Podstawą do postawienia zarzutów miały być podsłuchane rozmowy, które Mursi prowadził w ostatnich godzinach przed odsunięciem od władzy 3 lipca z Amerykanami, palestyńskim Hamasem i liderami swojej organizacji - Bractwa Muzułmańskiego.
W poniedziałek rzecznik armii uznał te doniesienia za nieprawdziwe i oskarżył gazetę, że zamierzała wzburzyć opinię publiczną. A tekst miał „służyć pewnym frakcjom politycznym". Kilka godzin później na przesłuchanie do prokuratora generalnego trafił redaktor naczelny „Al-Ahram" Abdel Naser Salama, o czym napisał portal tej gazety. Inne media egipskie podały, że tekst uznany przez armię za nieprawdziwy zniknął ze strony internetowej „Al-Ahram".
Salama został mianowany szefem gazety za prezydentury Mursiego i zaraz po obaleniu go, 4 lipca, część dziennikarzy zażądała jego odwołania. Gazeta, jak wszystkie duże egiskie media, poparła jednak przejęcie władzy przez armię i opozycję. Natomiast satelitarne kanały telewizyjne wspierające Bractwo Muzułmańskie zostaly zablokowane.
Mohamed Mursi od 3 lipca jest przetrzymywany w nieznanym miejscu, prawdopodobnie w jakiejść elitarnej jednostce wojskowej. Rodzina obalonego prezydenta oskarżyła właśnie armię o uprowadzenie go.
Początkowo zakładano, że przebywa w koszarach Gwardii Republikańskiej w pobliżu pałacu prezydenckiego w Heliopolisie. Odbywały się pod nimi masowe protesty zwolenników Mursiego. 8 lipca o świcie armia i policja otworzyła ogień do demonstrantów, z których część próbowała odbić Mursiego. Zginęło wówczas ponad 50 osób, a kilkaset zostało rannych. Był to najkrwawszy epizod tej politycznej próby sił w Egipcie.
