Zgodnie z art. 4 ust. 1 pkt 3 ustawy o pracownikach samorządowych (dalej u.p.s.) sekretarz jest zatrudniony na podstawie umowy o pracę. Podlega on bezpośrednio kierownikowi urzędu (wójtowi), który może upoważnić sekretarza do wykonywania w jego imieniu zadań - w szczególności z zakresu zapewnienia właściwej organizacji pracy urzędu i realizowania polityki zarządzania zasobami ludzkimi (art. 5 ust. 3-4 u.p.s.).
Czytaj także: Pełniący obowiązki wójta nie może wybierać dyrektora podstawówki
Sekretarz gminy prowadzi więc w imieniu wójta powierzone mu sprawy. W wyroku Sądu Najwyższego z 1 lutego 2017 r. (sygn. I PK 41/16, OSNP 2018/4/40) zwrócono uwagę, że z uwagi na wzajemne usytuowanie stanowisk wójta i sekretarza gminy w hierarchii służbowej nie jest możliwe ich jednoczesne pełnienie przez tę samą osobę. Pracownik zatrudniony jako sekretarz może skorzystać z urlopu bezpłatnego na czas pełnienia funkcji wójta. Stosunek pracy na stanowisku sekretarza, poprzedzający zatrudnienie na podstawie wyboru, może także zostać rozwiązany za porozumieniem stron.
Rozpoczęcie pracy na stanowisku z wyboru nie spowoduje natomiast „automatycznego" wygaśnięcia umowy o pracę. Do wygaśnięcia stosunku pracy prowadzą tylko określone przez ustawodawcę zdarzenia prawne, wśród których nie ma zmiany stanowiska pracy i podstawy nawiązania stosunku pracy (uchwała SN z 18 grudnia 2003 r., sygn. III PZP 17/03, OSNP 2004/8/134). Stosunek pracy z umowy o pracę (na stanowisku sekretarza) i stosunek pracy z wyboru (na stanowisku wójta) mogą istnieć równolegle, ale nie mogą być jednocześnie realizowane, z czym wiąże się konieczność skorzystania z urlopu bezpłatnego.
Zgodnie z art. 174 § 1 kodeksu pracy (dalej k.p.) na pisemny wniosek pracownika pracodawca może udzielić mu urlopu bezpłatnego. We wskazanym wyżej wyroku SN z 1 lutego 2017 r. zwrócono uwagę, że podczas korzystania przez dotychczasowego sekretarza z urlopu bezpłatnego na czas pełnienia funkcji wójta można nawiązać stosunek pracy na stanowisku sekretarza z inną osobą. Nie jest to powierzenie pełnienia obowiązków sekretarza innemu pracownikowi samorządowemu (zakaz takiego rozwiązania wynika z art. 5 ust. 1b u.p.s.), ale nawiązanie stosunku pracy na tym stanowisku w okresie nierealizowania tego stosunku przez dotychczasowego sekretarza.
