Przedmiotem odmiennych interpretacji jest kwestia, czy wynagrodzenie podmiotu prowadzącego prywatną szkołę uwzględnia się czy też nie uwzględnia w rozliczeniach dotacji oświatowej.
– Dziś pozostawia się to interpretacji kontrolujących, tak więc jedni te wynagrodzenia rozliczają, a inni są ostrożni i nie rozliczają – mówi radca prawny Lucyna Gąsiorowska, reprezentująca przed NSA zespół szkół: Prywatne Technikum Zawodowe oraz Katolicką Szkołę Podstawową przy Parafii św. Heleny w Nowym Sączu. Obie mają uprawnienia szkoły publicznej, w żadnej nie pobiera się czynszu – nauka jest bezpłatna.
Szkoły reprezentowane przez ich dyrektora Janusza Gumularza, będącego jednocześnie organem prowadzącym, zaskarżyły do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Krakowie dwa paragrafy uchwały Rady Miasta Nowy Sącz z 2010 r. w sprawie trybu udzielania i rozliczania dotacji m.in. dla szkół niepublicznych, zakładanych i prowadzonych na terenie miasta przez inne podmioty niż jednostki samorządu terytorialnego, a także trybu i zakresu kontroli prawidłowości ich wykorzystania. W skardze zasygnalizowały m.in. wątpliwość, czy wynagrodzenie organu prowadzącego powinno być uwzględniane w rozliczeniach dotacji. A jeśli tak, to czy ma być zaliczane do „wynagrodzenia pracowników", czy do „pozostałych wydatków".
Rada Miasta odpowiedziała, że wynagrodzenie podmiotu prowadzącego szkołę nie jest w ogóle wydatkiem, a tym bardziej wydatkiem bieżącym.
Wojewewódzki Sąd Administracyjny zgodził się z radą co do zasadniczej dla tej sprawy nowelizacji ustawy o systemie oświaty. W art .90 ust.3d przewidziano, że z dotacji jednostek samorządu dla szkół niepublicznych mogą być finansowane tylko wydatki bieżące związane z realizacją zadań placówki w zakresie kształcenia, wychowania i opieki, w tym profilaktyki społecznej.