Ks. Boniecki z dziennikarstwem związany jest od ponad 40 lat, odkąd w 1964 roku rozpoczął współpracę z „Tygodnikiem Powszechnym”. Dziesięć lat temu po śmierci Jerzego Turowicza został redaktorem naczelnym pisma. Ponad rok temu podjął trudną sztukę jego odnowy. „Otrzymaliśmy czcigodny, zasłużony spadek po naszych poprzednikach. Wierzę, że udało nam się go przystosować do obecnej rzeczywistości, nie tracąc nic z jego tożsamości” – mówił ks. Boniecki w marcu tego roku, gdy w redakcji „Rzeczpospolitej” odbierał Nagrodę im. Dariusza Fikusa w kategorii twórca mediów. Po zmianach „TP” nie tylko utrzymał się na rynku, ale nawet nieco zwiększył nakład, choć jego egzystencja nadal jest niepewna.
Ks. Boniecki nigdy nie uchylał się od podejmowania w swoim piśmie spraw dla Kościoła najtrudniejszych. Nie boi się też komentować ich w mediach świeckich. W mediach katolickich należy to do rzadkości. Z tego powodu przez jednych naczelny „TP” jest bardzo szanowany, a przez innych – mocno krytykowany. W dziennikarskim życiorysie ks. Boniecki ma jeszcze jedno ważne doświadczenie:
w 1979 roku Jan Paweł II powierzył mu stworzenie polskiej wersji „L’Osservatore Romano”. Z papieżem ks. Boniecki przyjaźnił się jeszcze w czasach, gdy kardynał Karol Wojtyła był metropolitą krakowskim, a on – duszpasterzem akademickim. Najbliżsi wiedzą, że umiał zrezygnować z watykańskiej kariery,
która otwierała się przed nim w latach 80. Zrezygnował też z hrabiowskiej formy swojego nazwiska Fredro-Boniecki.
Choć dziś kojarzy się głównie z dziennikarstwem, nie przestał być duszpasterzem. W latach 90. był generałem zakonu marianów (do zgromadzenia wstąpił, gdy miał 18 lat) i do dzisiaj prowadzi rekolekcje. Znajomi mówią o nim zdrobniale „Bonio”.
