W cieniu problematyki związanej z nadużywaniem instytucji tymczasowego aresztowania pozostaje problem stosowania przez prokuraturę również nieizolacyjnych środków związanych z unieważnieniem paszportu lub odmową jego wydania, dokonywanym nie w trybie kodeksu postępowania karnego, lecz na ścieżce administracyjnej. Tymczasem, zdaniem rzecznika praw obywatelskich (RPO), taka praktyka pozbawia podejrzanego możliwości skontrolowania na drodze sądowej zasadności zastosowania tego środka i stanowi przykład instrumentalnego wykorzystania prawa.
Zgodnie z art. 6 ust. 1 pkt 3 oraz art. 54 ust. 1 pkt 2 ustawy o dokumentach paszportowych odmawia się wydania paszportu na wniosek organu prowadzącego postępowanie przygotowawcze lub wykonawcze w sprawie karnej o przestępstwo ścigane z urzędu, przestępstwo skarbowe lub wykroczenie skarbowe.