Najwyższa Izba Kontroli odnotowała, że w ostatnich latach maleje w Polsce liczba wypadków kolejowych oraz rośnie odsetek infrastruktury kolejowej w dobrym stanie. Polska jednak wciąż zajmuje drugie (po Rumunii) miejsce w Europie pod względem liczby wypadków na kolei. Liczba ofiar znaczących wypadków kolejowych w Polsce (mierzona specjalnym wskaźnikiem FWSI w stosunku do eksploatacji linii kolejowych) jest zaś najwyższa w Europie (ponad dziesięciokrotnie większa niż w Niemczech, czy we Francji). Według danych Europejskiej Agencji Kolejowej jedna piąta śmiertelnych ofiar wypadków na kolei w UE ginie na polskich torach, podczas gdy Polacy stanowią zaledwie jedną trzynastą populacji UE.
Najwyższa Izba Kontroli wskazała na kilka istotnych powodów tego stanu rzeczy:
- Najczęstszą przyczyną wypadków kolejowych był zły stan torów, rozjazdów i urządzeń sterowania ruchem kolejowym. W stanie dobrym znajdowało się w Polsce tylko 43 proc. infrastruktury kolejowej, dostatecznym - 30 proc. (konieczne obniżenie prędkości, konieczna wymiana niektórych elementów), niezadowalającym - 23 proc (konieczne znaczne obniżenie prędkości, konieczna kompleksowa wymiana elementów) oraz w złym - 4 proc.
- PKP PLK podjęła niedostateczne wysiłki, aby modernizować infrastrukturę, której stan w znacznej części uniemożliwiał bezawaryjne prowadzenie pociągów. Zamiast sprawnego usuwania awarii i usterek na wielu odcinkach stosowano przez dłuższy czas liczne ograniczenia prędkości (na blisko 60 proc. linii i 35 proc. rozjazdów) oraz awaryjny tryb sterowania ruchem przy użyciu sygnału zastępczego. Sygnał zastępczy (najczęściej migające białe światło lub dodatkowy sygnalizator na semaforze) - który oznacza, że jazda pociągu może przebiegać w sposób nieprzewidziany w organizacji ruchu - powinien być stosowany tylko w wyjątkowych sytuacjach i to przez krótki czas. Wyłączenie automatycznego zabezpieczenia ruchu kolejowego i stosowanie sygnału zastępczego - zależnego jedynie od uwagi człowieka - jest obarczone ryzykiem popełnienia błędu, a tym samym zwiększa zagrożenie wystąpienia wypadków (tego typu procedurę używano w dniu katastrofy pod Szczekocinami). Tymczasem kontrola NIK ujawniła, że sygnał zastępczy - czyli procedura o potencjalnie najniższym stopniu ochrony przed wypadkami - był stosowany przez ponad 7 dni w co najmniej102 miejscach w kraju.
- Sygnału zastępczego oraz ograniczeń prędkości nadużywano, bo ważne dla bezpieczeństwa ruchu kolejowego awarie i usterki w rozjazdach i urządzeniach sterowania ruchem kolejowym usuwano opieszale. Niektóre niesprawne rozjazdy były eksploatowane nawet przez kilka lat, natomiast zwłoka w remontowaniu urządzeń sterowania ruchem kolejowym dochodziła do kilkunastu dni.