Rzecznik Praw Obywatelskich zwraca uwagę ministra, że z art. 70 ust. 5 Konstytucji zapewnia autonomię szkół wyższych na zasadach określonych w ustawie". Nakłada to na władze obowiązek poszanowania autonomii i nieingerowania w działalność szkół wyższych. Z drugiej strony, autonomia umożliwia nieskrępowany rozwój badań naukowych i twórczości artystycznej oraz realizację prawa do nauki.
RPO wyjaśnia, że przejawem autonomii jest m.in. określanie zasad polityki kadrowej, co pozostaje w bezpośrednim związku z wolnością prowadzenia badań naukowych i ich rzetelnością. Oznacza to m.in., że niezgodne z prawem jest wywieranie wpływu przez podmioty zewnętrzne względem uczelni, w tym też przez organy nadzoru nad uczelnią, na to, kto winien być jej pracownikiem.