Gdy trafił jesienią 2003 roku za kraty, przez wielu analityków był uważany za głównego konkurenta Władimira Putina. Jego majątek szacowano wtedy na ponad 15 mld dolarów, stał na czele potężnej korporacji naftowej Jukos, która po jego areszcie została wchłonięta przez rosyjskiego giganta państwowego Rosnieft.
Został oskarżony o defraudacje i oszustwa podatkowe, ale do winy nigdy się nie przyznał. Spędził dziesięć lat w łagrach, a gdy wyszedł na wolność w grudniu 2013 roku z kolonii karnej w Karelii został natychmiast przywieziony na lotnisko w Petersburgu, stamtąd wysłano go samolotem do Niemiec. Od tamtej pory wraz rodziną mieszka w Szwajcarii i jest uważany za szarą eminencję znacznej części rosyjskiej opozycji demokratycznej. Do Rosji powrotu nie ma, po jego emigracji władze postawiły mu kolejne zarzuty i wytoczyły już nowe postępowania karne.