Zagraniczne stypendia naukowe i za wyniki w nauce, w tym finansowane ze środków UE, są najczęściej zwolnione z podatku w Polsce na podstawie art. 21 ust. 1 pkt 39 ustawy o PIT. Zwolnienie to obejmuje wszystkie takie stypendia, jeśli zasady ich przyznawania zostały zaakceptowane przez ministra edukacji, a taka akceptacja jest regułą.
Umowy międzynarodowe z zasady zwalniają z podatku otrzymywane z kraju macierzystego czy z kraju trzeciego przez studentów i uczniów kształcących się w danym kraju środki na utrzymanie, kształcenie lub odbywanie praktyki.
Tymczasem stypendia dla studentów, uczniów i praktykantów otrzymywane z funduszy pochodzących z kraju, w którym uczą się czy odbywają praktykę, podlegają przepisom podatkowym obowiązującym w tym kraju. Jednakże są one tam najczęściej zwolnione z podatku.
Nieliczne nieobjęte zwolnieniami stypendia uczących się lub odbywających zagraniczne praktyki są opodatkowane w kraju wedle skali podatkowej. Polskiego fiskusa interesuje tu wyłącznie ewentualna nadwyżka między stypendium a równowartością diet z tytułu delegacji zagranicznych za każdy dzień otrzymywania stypendium. Tylko niewiele stypendiów przekracza taki limit.
Rozliczenie z tej nadwyżki zależy od metody unikania podwójnego opodatkowania przyjętej w umowie z danym krajem.
