Wyliczenie kwoty zwrotu VAT za materiały budowlane należy do podatnika. Nie oznacza to jednak, że urząd skarbowy jej nie weryfikuje.
Jeśli prawidłowość wniosku nie budzi wątpliwości, naczelnik urzędu skarbowego dokona zwrotu w terminie czterech miesięcy od dnia jego złożenia. Taka sytuacja nie wymaga wydawania żadnej decyzji przez naczelnika.
Nierzadko jednak fiskus kwestionuje dokonane wyliczenia albo prawo do zwrotu VAT za dany materiał. Wówczas – w terminie czterech miesięcy od dnia złożenia wniosku – wydaje decyzję, w której określa prawidłową kwotę. Wypłata kwoty zwrotu następuje w ciągu 25 dni od dnia doręczenia decyzji.
Najpierw urząd sprawdzi jednak, czy nie mamy zaległości podatkowych (zdarza się tak, jeśli np. nie rozliczyliśmy się prawidłowo z PIT lub mamy zaległość w VAT z tytułu prowadzonej działalności gospodarczej). Gdyby tak się zdarzyło, kwota przysługującego nam zwrotu VAT za materiały budowlane podlega z urzędu zaliczeniu na poczet tych zaległości wraz z odsetkami za zwłokę.
Osoba składająca wniosek może określić, w jaki sposób urząd ma dokonać wypłaty. Ma do wyboru kilka możliwości:
