Przełożeni porucznika Pilichniewicza mieli liczne zastrzeżenia dotyczące prowadzenia sprawy, ale zupełnie innej natury. Nie przyjmowali do wiadomości, że Burek jest nieco hermetyczny, nie utrzymuje zbyt wielu kontaktów i mieszka gdzieś pod Warszawą. Pilichniewicz został więc odsunięty, a rozpracowanie pisarza kontynuował podporucznik Stanisław Książek. Miał on zintensyfikować działania operacyjne przeciwko Burkowi poprzez wprowadzenie agenta „Orłowskiego” oraz bardziej aktywnie działać w jego miejscu zamieszkania: „jest tam jakiś doręczyciel poczty, sklep, w którym robi zakupy żona figuranta, lekarz, u którego leczą się figurant i jego rodzina, szkoła, do której chodzą dzieci (jeśli je posiada), luźne kontakty sąsiedzkie, komitet blokowy itp. (…) Jeśli chodzi o rozmowy z Burkiem, to powinny być przygotowane, a więc wiązać się z określonym tematem i prowadzić do konkretnego celu”.
W styczniu 1977 r. ukazał się pierwszy numer „Zapisu” – nielegalnego czasopisma literackiego. Burek – obok Barbary Toruńczyk, Stanisława Barańczaka, Jacka Bocheńskiego, Wiktora Woroszylskiego i Marka Nowakowskiego – był członkiem jego komitetu redakcyjnego. W debiutanckim numerze pisma opublikował też recenzję książki Antoniego Słonimskiego zatytułowaną „O „Alfabecie wspomnień” i szansach autobiografii”. Wówczas to w sprawie o kryptonimie „Bór” ukazała się pierwsza bardziej jednoznaczna charakterystyka pisarza: „Był on od chwili swego startu jako krytyk zdecydowanym, choć unikającym na ogół starć frontalnych, przeciwnikiem myśli i krytyki marksistowskiej. Oceniany jest jako człowiek dezorientujący opinie jednostkowymi opiniami i kampaniami krytycznymi skierowanymi przeciw literaturze wyrażającej ideologię socjalistyczną. Jest eseistą o wyrobionym i sugestywnym piórze, lecz rozsmakowanym w demagogicznym mętniactwie. Jeśli chodzi o polityczną wymowę tekstów zawartych w „Zapisie”, to recenzję T. Burka można zaliczyć do tekstów rozjątrzających i zapiekłych w pasji polemicznej przeciw systemowi socjalistycznemu, podnoszące pewne sprawy szczegółowe i konkretne, ale podnoszące te sprawy do rangi uogólnień niesłusznych, krzywdzących i niesprawiedliwych. (…) Recenzja T. Burka z książki Słonimskiego nobilituje jego postawę polemisty i opluskwiacza społeczeństwa socjalistycznego”.
Wprawdzie ta analiza pochodzi z anonimowego meldunku operacyjnego, to jednak charakterystyczny język i „pluskwiana” retoryka nie pozostawiają poważniejszych wątpliwości. Autorem tych słów był jeden z najgroźniejszych agentów Służby Bezpieczeństwa znany pod pseudonimami Wacław, WS i Olcha. Wedle dokumentów SB chodzi o znanego krytyka literackiego Wacława Sadkowskiego. Główne tezy donosu „Wacława” stały się potem trwałym elementem notatek i opracowań oficerów Służby Bezpieczeństwa na temat niepokornego pisarza.
W październiku 1977 r. Burek został poproszony o wygłoszenie wykładu u Anny i Tadeusza Walendowskich. Ich warszawskie mieszkanie pełniło wówczas rolę salonu niezależnej kultury, w którym swoje wieczory autorskie mieli m.in. Zbigniew Herbert, Tadeusz Konwicki, Stanisław Barańczak, Kazimierz Orłoś, Janusz Szpotański, Marek Nowakowski, a koncerty – Jan Kelus i Jacek Kaczmarski. 19 października 1977 r. w mieszkaniu Walendowskich pojawił się i Burek. Na jego wykładzie „Aktualne zjawiska w kulturze polskiej” Służba Bezpieczeństwa rozpoznała między innymi Jana Lityńskiego i Zbigniewa Romaszewskiego. Treść prelekcji nie spodobała się funkcjonariuszom SB. Zdefiniowali ją jako „tendencyjną i krytyczną ocenę sytuacji w polskiej kulturze”.
Były to jednak dopiero początki niezależnej działalności naukowej Tomasza Burka. W 1978 r. podpisał deklarację Towarzystwa Kursów Naukowych, wygłaszał też w ramach tzw. latającego uniwersytetu wykłady o literaturze polskiej. Działania te, podejmowane przez wielu pisarzy i intelektualistów sympatyzujących z opozycją, miały na celu przełamanie partyjno-państwowego monopolu w dziedzinie nauki i kultury. Wykłady odbywały się w mieszkaniach prywatnych, a zaproszenia na nie rozchodziły się pocztą pantoflową wśród opozycjonistów i studentów.
Władze użyły swych wpływów, by na Burka nacisnęli przełożeni z pracy pisarza – władze Instytutu Badań Literackich PAN. O rozmowę poprosiło go dwóch członków kierownictwa placówki, za którymi w istocie stała Służba Bezpieczeństwa. Wedle spisanego potem meldunku: „w czasie rozmowy figurant oświadczył, że zdaje sobie sprawę z kłopotów, jakie jego akces [do TKN] sprawia Instytutowi – wyraził nawet ubolewanie z tego powodu. Na propozycję wycofania swego podpisu odpowiedział negatywnie”.