O energicznego działacza społecznego szybko upomniała się polityka. W 1949 roku Szadkowski został powołany przez prezydenta Augusta Zaleskiego w skład Rady Narodowej RP, namiastki parlamentu na uchodźstwie, ciała opiniodawczego pozbawionego mocy stanowienia prawa. Wraz z kilkoma innymi członkami Rady utworzył Niezależną Grupę Społeczną, niebawem rozwiniętą w nowe emigracyjne stronnictwo, reprezentujące środowisko kombatanckie i organizacje społeczne, którego nieformalnym patronem był gen. Anders. Szybko stał się jednym z liderów NGS. W 1954 roku podpisał w jej imieniu akt zjednoczenia mający zakończyć rozłam polityczny emigracji i wszedł w skład komisji przygotowującej jego realizację.
Stało się inaczej. Prezydent Zaleski nie uznał aktu i wbrew złożonej rok wcześniej deklaracji odmówił ustąpienia po zakończeniu siedmioletniej kadencji. Dla wiernego harcerskim ideałom Szadkowskiego był to potężny wstrząs, złamanie danego słowa, zachowanie niehonorowe. Jak zdecydowana większość emigracji opowiedział się po stronie przeciwnego Zaleskiemu alternatywnego ośrodka politycznego, Zjednoczenia Narodowego, w którym kluczową rolę odgrywał gen. Anders. Z ramienia NGS wszedł do jego przedstawicielstwa – Tymczasowej Rady Jedności Narodowej.
Kryzys polityczny emigracji zbiegł się w czasie ze zmianami w sytuacji międzynarodowej. Szadkowski zdawał sobie sprawę, że hasła „odprężenia" i „pokojowego współistnienia" odbierają nadzieję na konflikt Zachodu z Sowietami, który otworzyłby emigrantom drogę do kraju. Otrzymał w tym czasie za pośrednictwem osiadłego w Kanadzie kolegi propozycję zatrudnienia na jednej z tamtejszych uczelni. Nie zdecydował się na wyjazd za ocean. W Kanadzie czekała go materialna stabilizacja, spokojne życie, ale praca dla Polski była w Anglii.
Zmieniała się też sytuacja w kraju. Przyjmując z radością wszelkie pozytywne zmiany, Szadkowski nie podzielał nadziei, jakie część emigrantów wiązała z osobą Władysława Gomułki. Kiedy po Październiku uchylono żelazną kurtynę, udało mu się ściągnąć do Londynu niewidzianą od wybuchu wojny matkę, z którą był bardzo emocjonalnie związany. Po kilku latach wróciła jednak do Polski, nie była w stanie żyć poza nią. Kiedy zmarła w 1966 roku, przedstawiciele PRL oferowali Szadkowskiemu pokrycie kosztów przyjazdu na pogrzeb, zachęcali nawet do powrotu na stałe, kusili „willą z gosposią". W zamian oczekiwali „tylko" wystąpienia w państwowej telewizji. Dla Szadkowskiego oznaczałoby to zaprzeczenie całej dotychczasowej drogi życiowej. Na pogrzeb nie pojechał.
Stopniowo stawał się coraz ważniejszą postacią „polskiego Londynu". Po śmierci prezydenta Zaleskiego w 1972 roku brał udział w negocjacjach, które doprowadziły do scalenia zwaśnionych ośrodków emigracyjnych. Dwukrotnie był w rządach RP na uchodźstwie ministrem spraw społecznych, raz także ministrem skarbu. W 1978 roku został wybrany na przewodniczącego Rady Narodowej RP. Stanowisko to miał piastować przez kilka kadencji, do rozwiązania Rady po pierwszych wolnych wyborach w Polsce w 1991 roku, starając się szukać dróg porozumienia i łagodzić konflikty, które nie przestały nurtować kurczącą się politykę emigracyjną. Działał w Funduszu Pomocy Krajowi, uczestniczył w akcji pomocy po wprowadzeniu stanu wojennego.