[b]Uznał tak 23 lutego 2009 r. Naczelny Sąd Administracyjny w uchwale siedmiu sędziów, której celem było usunięcie rozbieżności dotyczących stanu prawnego między 1 kwietnia 1997 r. a 30 kwietnia 2004 r. (sygn. IFPS 5/08).[/b]
Zgodnie z przepisami o VAT obowiązującymi w tym okresie przedsiębiorcy dostają zwrot nadwyżki podatku naliczonego nad należnym w terminie 60 lub 25 dni od dnia złożenia deklaracji. Jeśli zasadność zwrotu wymaga dodatkowego sprawdzenia, urząd skarbowy może przedłużyć ten termin do czasu zakończenia postępowania wyjaśniającego. Kwestią sporną są zasady oprocentowania zwrotu VAT. Chodzi o rozstrzygnięcie, czy w razie przedłużenia postępowania przedsiębiorcy przysługują odsetki w wysokości opłaty prolongacyjnej, czyli 50 proc. odsetek za zwłokę, czy też w pełnej wysokości.
Jak wynika z uchwały NSA, urząd skarbowy popada w zwłokę, jeśli nie zwróci podatku w terminie i nie dokona jego przedłużenia. W takiej sytuacji podatnikowi przysługuje pełne oprocentowanie naliczane po przekroczeniu przez organ podatkowy daty zwrotu. Jeśli jednak dochodzi do wszczęcia postępowania i przedłużenia terminu, przedsiębiorcy przysługują odsetki wynoszące 50 proc.
Obowiązujące przepisy nie pozostawiają wątpliwości, że odsetki 50-proc. odnoszą się zarówno do czynności sprawdzających, kontroli podatkowej, jak i postępowania podatkowego.
