Wyrok zapadł na podstawie stanu prawnego z sierpnia 2008 r.. Obowiązujący wówczas art. 6 ustawy o VAT nakazywał niestosowanie przepisów ustawy do zbycia przedsiębiorstwa lub zakładu (oddziału) samodzielnie sporządzającego bilans. Zgodnie z obecnie funkcjonującymi przepisami (weszły w życie od 1 grudnia 2008 r.) zbycie zorganizowanej części przedsiębiorstwa nie podlega VAT.
Problem dokumentacji takiej transakcji pojawiał się już wcześniej. Praktyka organów podatkowych była jednak niejednolita.
Część z nich w swoich interpretacjach jasno przyznawała, że „w obowiązującym stanie prawnym nie ma przepisu, zgodnie z którym faktura dokumentująca jedną transakcję powinna zawierać odrębną pozycję na każdy ze składników przedsiębiorstwa lub części transakcji spełniających definicję dostawy towarów oraz części transakcji spełniających definicję świadczenia usług”.
W związku z brakiem regulacji niektóre organy wnioskowały, że w takim wypadku można wystawić fakturę zawierającą jedną pozycję „zorganizowana część przedsiębiorstwa” i opodatkować ją 22-proc. stawką. Takie stanowisko zajął np. Pierwszy Mazowiecki Urząd Skarbowy w Warszawie w interpretacji z 28 grudnia 2005 (1471/NUR2/443-515/05/AK).
Z kolei inne organy podatkowe przyjmowały stanowisko prezentowane przez fiskusa w tej sprawie. Uznawały, że do poszczególnych towarów lub usług (składających się na zorganizowaną część przedsiębiorstwa) należy zastosować odpowiednie stawki VAT lub zwolnienie.WSA w Gdańsku uznał, że nie ma do tego podstaw.
Sąd słusznie dostrzegł, że to od woli stron wyrażonej w umowie zależy, co jest przedmiotem transakcji. W tej sprawie strony ustaliły, że jest to zbycie zorganizowanej części przedsiębiorstwa, a nie zbycie poszczególnych składników materialnych i niematerialnych, które łącznie tworzą przedmiot transakcji.