Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z 29 marca 2011 r. (sygn. I FSK 425/10)
potwierdził stanowisko fiskusa, że podatnik nie może sam wybrać momentu korekty po zwrocie przedpłaty. Sąd uznał, iż obowiązek wystawienia faktury korygującej powstaje wyłącznie wtedy, gdy zaistniały podstawy do wystawienia pierwotnej faktury VAT.
– Korekty można dokonać dopiero wtedy, gdy faktycznie dochodzi do zwrotu przedpłaty – tłumaczył sędzia NSA Sylwester Marciniak.
W sprawie chodziło o rozliczenie VAT za sierpień 2004 r. Spółka podpisała z inną firmą umowę o przystosowanie oraz eksploatację fragmentu płatnej autostrady. Na jej podstawie kontrahent zobowiązał się m.in. do pobierania w imieniu podatniczki i na jej rachunek opłaty za przejazd autostradą. W zamian miał otrzymywać wynagrodzenie. Zarządca był uprawniony do używania i pobierania pożytków z nieruchomości wchodzących w skład pasa drogowego. Dodatkowo miał skarżącej płacić czynsz. Spółki ustaliły też harmonogram płatności czynszu oraz porozumiały się co do jego przedpłaty. Część przedpłaty została dokonana przelewem i przez potrącenie. Potem jednak umowa w całości wygasła i podatniczka postanowiła wystawić faktury korygujące na przedpłaty.
Organy podatkowe uznały, że spółka pospieszyła się z korektą. Przedpłaty nie zostały bowiem zwrócone od razu. Strony dokonały ich rozliczenia później.