Nie wiadomo, co zrobi nowy rząd. Ważna jest jednak świadomość, kto może mieć wpływ na działalność prokuratury wojskowej. W skład wojskowych jednostek organizacyjnych prokuratury wchodzą dziś: Naczelna Prokuratura Wojskowa (NPW), dwie wojskowe prokuratury okręgowe oraz osiem garnizonowych. Pracuje w nich 114 śledczych. Pod względem merytorycznym podlegają prokuratorowi generalnemu, którego jednym z zastępców jest naczelny prokurator wojskowy.
W sprawach służby wojskowej naczelny prokurator podlega bezpośrednio ministrowi obrony narodowej. Jest prokuratorem przełożonym prokuratorów NPW oraz pozostałych prokuratorów wojskowych jednostek organizacyjnych prokuratury w zakresie służby wojskowej.
Naczelny szef wojskowych śledczych składa prokuratorowi generalnemu i szefowi MON sprawozdania z działalności prokuratorów wojskowych. Informuje ich również na bieżąco o pracy wojskowych jednostek organizacyjnych prokuratury.
Minister obrony narodowej w porozumieniu z prokuratorem generalnym może określać zadania prokuratorów wojskowych co do zapobiegania przestępczości, umacniania dyscypliny i porządku w wojsku. Ale nie tylko. W porozumieniu z NPW wyznacza też prokuratorów na stanowiska służbowe, przenosi i zwalnia z nich.
Z kolei prokurator generalny w porozumieniu z ministrem obrony może określić funkcje w wojskowych prokuraturach okręgowych i garnizonowych, do których pełnienia powołuje konkretnych prokuratorów oraz z nich odwołuje. Decyzję podejmuje jednak Naczelna Prokuratura Wojskowa.
