Aktywnie uczestniczył w nieuczciwej rosyjskiej prywatyzacji lat 90. Z ówczesną aktywnością Jukosu związanych jest wiele ciemnych i dotąd niewyjaśnionych spraw. A praktyki szefa tej firmy nie odbiegały od praktyk innych oligarchów współtworzących kraj, w którym granice między biznesem, polityką i światem przestępczym są słabo zaznaczone albo nie istnieją.
Nie trzeba jednak być bezkrytycznym fanem Chodorkowskiego, by dostrzec, że zwycięstwo Jukosu w Strasburgu to dobra wiadomość dla rosyjskiej wolności.
W ciągu ostatnich paru lat w Rosji, jeśli chodzi o demokrację i prawa człowieka, zaszedł zauważalny regres. Władze coraz śmielej, coraz bardziej otwarcie i coraz bezwzględniej dusiły te oznaki sprzeciwu, które uznawały za potencjalnie realnie dla nich niebezpieczne. Miedwiediewowska modernizacja, z którą łączyła nadzieje część wolnościowo nastawionych Rosjan, nie przyniosła większych rezultatów.
Na tle tej ponurej rzeczywistości nadzieję wzbudza słabość, jaką przejawia Kreml wobec realnego nacisku ze strony silnych zachodnich partnerów.
Obnażyła to sprawa Siergieja Magnitskiego, prawnika, który przeciwstawił się wyprowadzeniu pieniędzy z firmy Hermitage przez związaną z władzą mafię. Za to uwięziono go i zakatowano. W końcu jednak część osób odpowiedzialnych za śmierć Magnitskiego została postawiona w stan oskarżenia. Wymusiły to Stany Zjednoczone, które przygotowały listę urzędników zaangażowanych w sprawę Magnitskiego. Zabroniono im wjazdu do Ameryki, zamrożono konta. A nagłośnienie sprawy unaoczniło członkom rosyjskiej elity, że takie praktyki utrudniają im osiągnięcie celu, jakim jest zaakceptowanie ich jako pełnoprawnych członków światowej elity.