Wybitny ekonomista, orędownik liberalizmu, ceniony w kraju – a jeszcze bardziej za granicą – zarówno za olbrzymi i oryginalny dorobek naukowy, jak i za działalność publicystyczno-polemiczną oraz pracę w ważnych krajowych i międzynarodowych instytucjach gospodarczych – pisze o prof. Janie Winieckim w liście pożegnalnym Towarzystwo Ekonomistów Polskich, którego był członkiem założycielem i honorowym przewodniczącym.
Związany z wieloma instytutami i uczelniami, m.in. z Polską Akademią Nauk, skąd został zwolniony w 1984 r. z uwagi na współpracę z „Solidarnością" (z PZPR wystąpił w okresie stanu wojennego). Jan Winiecki był też doradcą ekonomicznym NSZZ „S", w 1990 r. należał do założycieli i do 1995 r. pełnił funkcję prezesa Centrum im. Adama Smitha. Był doradcą prezydenta Lecha Wałęsy, a także dyrektorem wykonawczym Europejskiego Banku Odbudowy i Rozwoju. Od 1994 r. do 2003 r. zajmował stanowisko profesora i kierownika Katedry Ekonomii na Europejskim Uniwersytecie Viadrina we Frankfurcie nad Odrą, wykładał na licznych uczelniach. W latach 2010–2016 był też członkiem Rady Polityki Pieniężnej.