Urodził się w 1934 r. w Zaworach koło Książa Wielkopolskiego, niedawno, 15 czerwca, w trakcie wernisażu wystawy „Jan Berdyszak. Horyzonty grafiki" w poznańskim Muzeum Narodowym świętował 80. urodziny.
Pierwsze kontakty ze sztuką Jan Berdyszak wyniósł z domu rodzinnego, w którym ojciec Józef - rzeźbiarz, dawał mu lekcje rysunku. Później były spotkania, z prof. Janem Wronieckim, grafikiem i malarzem, członkiem grupy artystycznej Bunt; zaprzyjaźnionym z rodziną Berdyszaków. W latach 1952 – 58 studiował rzeźbę w Państwowej Wyższej Szkole Sztuk Plastycznych w Poznaniu, w pracowni prof. Bazylego Wojtowicza i jednocześnie malarstwo w ramach studiów indywidualnych.
Pierwszą ważną nagrodę otrzymał w 1956 r. na Ogólnopolskiej międzyuczelnianej wystawie grafiki i rysunku kół naukowych, była to III nagroda za gipsoryt dedykowany szwajcarskiemu kompozytorowi Arhurowi Honeggenowi. Debiutował pokazem grafiki na wystawie w studenckim klubie Od Nowa w Poznaniu w 1960 r.
Tworzył formy integralne. Zasłynął jako twórca obrazów strukturalnych, których cykl zapoczątkował w 1965 roku. Zajmował się rzeźbą, malarstwem, grafiką, rysunkiem, projektował instalacje przestrzenne i teatralne scenografie. Znany był jako autor tekstów teoretycznych, które często towarzyszyły realizacjom plastycznym oraz pracy w Poznańskim Uniwersytecie Artystycznym, którego był profesorem.
Jan Berdyszak poszerzał granice gatunków, czego przykładem był np. cykl „Projekt wyobrażeń", łączący grafikę i rysunek (1970). Niemal w tym samym czasie włączył szkło do „surowców" rzeźbiarskich realizując cykl „Przezroczyste". Od początku lat 90. tworzył cykle: „Belki", „Passe Passe-par-tout" oraz przekształcenia fotograficzne, dla których punktem wyjścia są zdjęcia własnych instalacji.