Pod koniec wojny najcenniejsze obiekty w tym: "Dama z gronostajem" Leonarda da Vinci, "Portret młodzieńca" Rafaela Santi i "Pejzaż z miłosiernym Samarytaninem" Rembrandta wywiezione zostały przez Niemców. Dotąd nie odzyskano arcydzieła Rafaela, które Fundacja poszukuje. Perełką kolekcji jest słynna "Dama z gronostajem", która teraz jest eksponowana na Zamku Królewskim na Wawelu.
Jeszcze w trakcie działań wojennych we wrześniu roku 1944 majątek sieniawski został zrabowany przez komunistyczne władze w ramach reformy rolnej, a w roku 1950 skonfiskowano także Muzeum i Bibliotekę, wcielając je do Muzeum Narodowego w Krakowie. Dopiero odzyskanie niepodległości przez Polskę w 1989 roku otworzyło drogę prawowitemu właścicielowi do odzyskania zbiorów muzealnych i bibliotecznych.
List otwarty
W roku 2010 rozpoczął się konieczny remont i modernizacja siedziby Muzeum XX. Czartoryskich w Krakowie. Z powodu braku środków finansowych trwa on do tej pory. Tym samym zniknął z mapy kulturalnej zarówno naszego miasta, jak i kraju, punkt szczególny: najstarsze muzeum narodowe w Polsce, udostępnione zwiedzającym w 1801 roku, posiadające w swych zbiorach bezcenne dzieła sztuki (m. in. Damę z gronostajem Leonarda da Vinci, Pejzaż z miłosiernym Samarytaninem Rembrandta van Rijn) oraz liczne pamiątki narodowe. Muzeum XX. Czartoryskich było obok Wawelu najczęściej odwiedzanym przez turystów miejscem w Krakowie. Było też ośrodkiem poważnych badań naukowych i działań edukacyjno-popularyzatorskich.
Rok 2011 przyniósł wprawdzie podpisanie przez Ministerstwo Kultury i Dziedzictwa Narodowego oraz Fundację XX. Czartoryskich listu intencyjnego w sprawie powołania do życia niezależnej instytucji kultury, jednak do tej pory nie doszło do jej powstania.
W efekcie udostępnienie bezcennych dóbr kultury zgromadzonych przez rodzinę Czartoryskich oddala się w bliżej nie określoną przyszłość z wielką szkodą dla Krakowa i Polski.
Niżej podpisani apelujemy więc do Pana Prezydenta o podjęcie działań w celu powołania do życia nowej instytucji kultury - Muzeum XX. Czartoryskich.
Angel Romana ,Dyrektor Cracovia Danza
Beiersdorf Maciej , Dyrektor Muzeum Historii Fotografii w Krakowie
Dr hab. Betlej Andrzej, Dyrektor Nominat Muzeum Narodowego w Krakowie
Prof. dr hab. Chwalba Andrzej, Uniwersytet Jagielloński
Dziechciaruk-Maj Bogna ,Dyrektor Muzeum Sztuki i Techniki Japońskiej Manggha
Prof. dr hab. Furtak Kazimierz , Rektor Politechniki Krakowskiej
Dr Górski Jacek, Dyrektor Muzeum Archeologicznego
Dr Grabski Józef, Prezes IRSA
Dr Grodziska Karolina, Dyrektor Biblioteki Naukowej PAN i PAU
Jasiński Krzysztof, Dyrektor Teatru STU
Dr Lasota Marek, Instytut Pamięci Narodowej w Krakowie
Prof. dr hab. Malec Jerzy, Rektor Krakowskiej Akademii Andrzeja Frycza Modrzewskiego
Niezabitowski Michał, Dyrektor Muzeum Historycznego Miasta Krakowa
Prof. dr hab. Noga Zdzisław, Wiceprezes Towarzystwa Przyjaciół Historii i zabytków Krakowa
Prof. dr hab. Nowak Andrzej, Kierownik Zakładu Historii Europy Wschodniej UJ
Nowak Bogusław, Dyrektor Opery Krakowskiej
Prof. dr hab. Nowak Wojciech, Rektor Uniwersytetu Jagiellońskiego
Prof. dr hab. Ostrowski Jan K., Dyrektor Państwowych Zbiorów Sztuki na Wawelu
Palczewski Aleksander, Małopolski Kurator Oświaty
Prof. dr hab. Pietrzyk Zdzisław, Dyrektor Biblioteki Jagiellońskiej
Polony Anna, Aktorka
Potocka Maria Anna, Dyrektor MOCAK w Krakowie
Rostworowski Bogusław, Artysta Rzeźbiarz
Prof. dr hab. inż. Sady Włodzimierz, Rektor Uniwersytetu Rolniczego
Schoen Henryk Jacek, Dyrektor Teatru Bagatela
Slaska Katarzyna, Wice- Dyrektor Biblioteki Narodowej w Warszawie
Prof. dr hab. Słomka Tadeusz, Rektor Akademii Górniczo-Hutniczej
Prof. dr hab. Sroka Stanisław A., Uniwersytet Jagielloński
Dr hab. Stopka Krzysztof, Dyrektor Muzeum Collegium Maius
Prof. dr hab. Święch Jan, Dziekan Wydziału Historycznego UJ
Prof. dr hab. Tabisz Stanisław, Rektor Akademii Sztuk Pięknych w Krakowie
Tosza Bogdan, Dyrektor Naczelny Filharmonii
Trela Jerzy, Aktor
Dr hab. Walczak Marek, Uniwersytet Jagielloński Instytut Historii Sztuki
Witek Zbigniew Kazimierz , Prezes Towarzystwa Przyjaciół Sztuk Pięknych (Pałac Sztuki)
Woźniakowski Henryk , Prezes Wydawnictwa ZNAK
Prof. dr hab. Wyrozumski Jerzy, Sekretarz generalny Polskiej Akademii Umiejętności
Prof. dr hab. Ziejka Franciszek, Przewodniczący Społecznego Komitetu Odnowy Zabytków Krakowa
Prof. dr hab. ks. Zyzak Wojciech, Rektor Uniwersytetu Papieskiego Jana Pawła II w Krakowie