W rozmowie z Onetem ks. Isakowicz-Zaleski opisał przykłady sytuacji, w których pokrzywdzeni oskarżali księży o molestowanie, a polskie władze kościelne nie reagowały w odpowiedni sposób, nie informowały prokuratury ani władz watykańskich, a duchowni, wobec których formułowano zarzuty, byli przenoszeni w inne miejsca kraju lub za granicę, gdzie znów mieli łamać prawo.
    Pytany, co Kościół powinien robić z tymi, którzy dopuszczają się wykorzystywania seksualnego oraz z tymi, którzy wiedzieli o takich czynach i je ukrywali, ks. Isakowicz-Zaleski odparł: Każdy ksiądz-pedofil musi być usunięty ze stanu kapłańskiego, a za przestępstwa winien ponieść karę także z rąk władzy świeckiej.