Bardzo często podatnicy, którzy występują z wnioskami o wydanie interpretacji indywidualnych, powołują orzeczenia sądów administracyjnych jako wsparcie swojego stanowiska. Dotyczy to wyroków, które dotykają podobnego problemu prawnego. Czynią to w samym wniosku lub niekiedy w skardze do sądu administracyjnego.
Zastanawiające są sytuacje, w których mimo ukształtowanych nierzadko linii orzeczniczych organy podatkowe prezentują w interpretacjach diametralnie odmienne stanowiska. Jeśli podatnicy powołują się na orzecznictwo krajowe lub Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej, można spotkać poglądy, iż przy wydawaniu interpretacji indywidualnych wyroki sądów nie są wiążące.
Dotyczy to także orzeczeń ETS.
Nierzadko organy wskazują, iż wyroki wiążą jedynie w konkretnej sprawie i nie mają skutku erga omnes. Efekt jest taki, że wiele spraw dotyczących interpretacji indywidualnych znajduje swój finał w sądach. Nierzadko słyszy się opinie, że poprzez poddanie ich sądowej kontroli sądy administracyjne zostały zalane skargami na interpretacje.
Wydaje się, że ilość tych spraw znacznie by się zmniejszyła, a sądy mogłyby się zająć innymi sprawami, gdyby działające z upoważnienia Ministerstwa Finansów organy zechciały pamiętać, że od 1 lipca 2007 r. w związku z art. 14e § 1 ordynacji podatkowej orzecznictwo sądów stało się probierzem legalności wydawanych interpretacji indywidualnych. Wyroki w sprawach podatkowych mają bowiem normatywne przełożenie na tworzenie warunków jednolitego stosowania prawa podatkowego.
