Według NIK strona polska mogła próbować odwołać się od decyzji Komisji Europejskiej, która nie zaakceptowała żadnego z przekazanych jej planów restrukturyzacji zakładów w Gdyni i Szczecinie i uznała, że pomoc publiczna przyznana stoczniom w przeszłości była nielegalna. Rząd nie skorzystał jednak z takiej możliwości, zamiast tego przyjmując specustawę regulującą zasady sprzedaży stoczniowego majątku.
Do samej ustawy NIK też ma sporo zastrzeżeń. Jak zauważa izba w pokontrolnym raporcie, zarządca kompensacji, który na mocy ustawy prowadził sprzedaż aktywów, nie miał doświadczenia w prowadzeniu likwidacji lub upadłości. Pobierał też „relatywnie wysokie wynagrodzenie" – łącznie może ono wynieść 17,2 mln zł.
NIK przyznała, że majątek stoczni sprzedawano w rzetelnie przeprowadzanych przetargach, jednak „działaniem gospodarnym byłoby podjęcie próby sprzedaży majątku za wyższą cenę". Majątek stoczni w Szczecinie wyceniono na 120 mln zł. Cena wywoławcza całego majątku Stoczni Gdynia wynosiła 267 mln zł.
NIK stwierdziła, że zobowiązania finansowe wobec stoczniowców zostały wypełnione, łączne koszty ochrony praw pracowników wyniosły ok. 761 mln zł, z czego wypłacono im ok. 638 mln zł. Jednak tylko jedna trzecia spośród 9 tys. zwolnionych stoczniowców znalazła ponownie pracę.
Izba przyznaje też w raporcie, że nie ustaliła stanu faktycznego wszystkich okoliczności niedoszłej transakcji z inwestorem Stichting Particulier Fonds Greenrights, który nie zapłacił za kupiony majątek stoczni, ze względu na sprzeczne wyjaśnienia i brak dostępu do niektórych dokumentów.
