W marcu obchodził 85. urodziny, był w dobrej formie, ale niedługo potem musiał poddać się operacji. Przebiegła pomyślnie, tym niemniej ze szpitala już nie wyszedł. Jego śmierć ma wymiar symboliczny, Stefan Sutkowski zmarł w momencie, gdy wszystkim jego artystom i muzykom wręczane są wymówienia z pracy, a Warszawska Opera Kameralna ulega ostatecznej dewastacji.
Stworzył swój teatr w 1961 roku od razu na najwyższym poziomie. W pierwszej premierze „Służącej panią” Pergolesiego wystąpili śpiewacy o światowej renomie: Bogna Sokorska, nazywana słowikiem Warszawy i Bernard Ładysz oraz znakomity aktor, Bogusław Pawlik. Nie przeszkadzał brak własnej siedziby i fakt, że teatr formalnie nie istniał, co w czasach PRL wydawało się nieprawdopodobne.
Na własną scenę Warszawska Opera Kameralna czekała ćwierć wieku. Dostała ją wreszcie w 1986 roku w dawnym Zborze Kalwińskim, którego stylowa XVIII-wieczna architektura doskonale pasuje do instytucji zajmującej się muzyką barokową, staropolską, Mozartem czy Rossinim.
Taka właśnie była jego koncepcja kameralnego teatru, który przywracałby operowe skarby sprzed dwustu czy trzystu lat. I Stefan Sutkowski konsekwentnie ją realizował. To dzięki niemu publiczność poznała pierwszą wersję „Halki” Moniuszki różniącą się znacznie od tej wystawianej powszechnie, albo operę „Wybawienie Ruggiera z wyspy Alcyny” Franceski Caccini, którą przyszły król Władysław IV tak się zachwycił we Włoszech, że potem stworzył teatr operowy na Zamku w Warszawie. To w WOK wystawiano dzieła Monteverdiego, Händla, Purcella, obecne na wszystkich światowych scenach ale nie w Polsce.
Stefan Sutkowski stworzył też w 1991 roku Festiwal Mozartowski, jedyną imprezę na świecie, która co roku prezentowała wszystkie 23 dzieła sceniczne Mozarta. Jeździła też wielokrotnie z nimi po świecie. – Jeśli ktoś pyta mnie, dlaczego w Warszawie co roku odbywa się Festiwal Mozartowski – mówił „Rzeczpospolitej” – posługuję się oczywiście racjami historycznymi: tego kompozytora zawsze tu grywano i ceniono, więc nawiązujemy do tradycji. Ale jest to tylko pół prawdy. Mozart to po prostu geniusz tak wszechstronny, że jeśli tylko pojawia się szansa na prezentację jego muzyki, należy z niej korzystać.
