Prawdopodobnie skutkowało to pozyskaniem przez rosyjski kompleks wojskowo-przemysłowy nowoczesnych technologii.
Skołkowo to liczące 30 tys. mieszkańców „miasto innowacji" nazywane czasem „rosyjską Doliną Krzemową". Tylko w latach 2009-2012 rząd Federacji Rosyjskiej przeznaczył około 5 mld dol. na rozwój tego projektu. Działają tam firmy zajmujące się m.in. nanotechnologią, inżynierią genetyczną, dronami, laserami, elektroniką czy nowoczesnymi technologiami nuklearnymi. Spora część rozwijanych tam projektów może mieć podwójne cywilno-wojskowe zastosowanie. Mimo to projekt Skołkowo uzyskał pokaźne wsparcie od rządu amerykańskiego a szczególnie od Departamentu Stanu kierowanego w latach 2009-2013 przez Hillary Clinton.
Był to czas „resetu" w relacjach między USA i Rosją. Po wizycie prezydenta Baracka Obamy w Moskwie w 2009 r. powstała Amerykańsko-Rosyjska Dwustronna Komisja Prezydencka, ciało mające wspierać współpracę polityczną i gospodarczą obu mocarstw. Ze strony amerykańskiej komisją kierowała Hillary Clinton, ze strony rosyjskiej minister spraw zagranicznych Siergiej Ławrow. Departament Stanu zaangażował się w ściąganie amerykańskich spółek IT do Skołkowa i w pomoc dla państwowej rosyjskiej spółki Rusnano (objętej obecnie międzynarodowymi sankcjami) w inwestowaniu w amerykańskie firmy z sektora nowych technologii. Współpracy tej przyjrzał się amerykański pisarz Peter Schweitzer, autor bestsellerowej książki „Clinton Cash" i filmu dokumentalnego o tym tytule. Zauważył on, że wiele spośród koncernów, którym Departament Stanu pomagał inwestować w Skołkowie, wpłacało pokaźne donacje na Fundację Clintona. Wśród nich znalazły się m.in.: Google, Intel i Cisco (który zainwestował w Skołkowie 1 mld dolarów). W maju 2010 r. Departament Stanu zorganizował wizytę w Moskwie przedstawicielom 22 funduszów venture capital chcących inwestować w rosyjskie nowe technologie. W 2012 r. , Conor Lenihan, wiceprezes Fundacji Skołkowo i zarazem człowiek współpracujący wcześniej biznesowo z Fundacją Clintona, mówił, że "rosyjska Dolina Krzemowa" ma 28 rosyjskich, europejskich i amerykańskich partnerów. Spośród nich 17 wpłacało pieniądze na Fundację Clintona lub płaciło Hillary Clinton za przemówienia. Donatorami Fundacji Clintona były również rosyjskie spółki, m.in. holding Renova Group, należący do prezesa Fundacji Skołkowo, oligarchy Wiktora Wekselberga czy Andriej Wawiłow, prezes spółki SuperOX, działającej w klastrze badań nuklearnych w Skołkowie.
Współpraca kwitła, choć amerykańska armia, FBI a nawet urzędnicy Departament Stanu wskazywały, że ten projekt jest głównie sposobem mającym pozwolić Rosji na uzyskanie od Amerykanów nowoczesnych technologii mających zastosowanie militarne. Raport opracowany przez Program Badań Armii USA nad Zagranicznymi Siłami Zbrojnymi wskazywał, że Skołkowo jest "wehikułem do transferu technologii z całego świata do Rosji w dziedzinie technologii informatycznej, biomedycyny, energetyki, technologii satelitarnej i kosmicznej oraz technologii nuklearnej". Opracowanie to przypominało, że Fundacja Skołkowo sama chwaliła się swoimi związkami z rosyjskim przemysłem zbrojeniowym, m.in. w projekcie budowy silników dla ponaddżwiękowych rakiet cruise mogących przenosić głowice nuklearne. W 2014 r. w "Boston Business Journal" FBI uplasowało tekst autorstwa swojej agentki ostrzegający amerykańskie spółki przed kontaktami z rosyjskimi firmami z sektora IT. Wskazano w nim szczególnie Fundację Skołkowo jako instytucję służącą pozyskiwaniu dla Rosji technologii o zastosowaniu wojskowym. Z depeszy urzędników Departamentu Stanu adresowanej do Hillary Clinton ujawnionej przez portal WikiLeaks wiadomo natomiast, że niektórzy pracownicy Departamentu wyrażali obawy, że technologie transferowane do Skołkowa mogą zostać wykorzystane przez siły zbrojne Federacji Rosyjskiej lub wyeksportowane przez Rosję do państw stanowiących zagrożenie dla USA.
To nie pierwsze tego typu wątpliwości dotyczące związków Hillary Clinton z Rosją. Co najmniej 135 mln dol. przekazał na Fundację Clintonów kanadyjski biznesmen Frank Giustra, właściciel spółki górniczej Uranium One. Bill Clinton poleciał z nim do Kazachstanu, na spotkanie z prezydentem Nursułtanem Nazarbajewem. Wkrótce potem kazachskie władze przyznały Uranium One lukratywne koncesje na wydobycie uranu. W latach 2009 - 2013 była ona stopniowo przejmowana przez rosyjski państwowy koncern Rosatom. Przejęcie te zostało zatwierdzone przez rząd USA, choć eksperci wskazywali, że w ten sposób Rosja wejdzie w ten sposób w posiadanie 20 proc. amerykańskich złóż uranu. W ciągu kilku miesięcy przed zatwierdzeniem transakcji przez Departament Stanu, akcjonariusze Uranium One wpłacili na Fundację Clintona łącznie 145 mln dol.
