Chłoń karierę dyplomatyczną zaczął od 1987 roku. Pracował m.in. w Stałym Przedstawicielstwie RP w NATO, reprezentował Polskę w Komitecie Politycznym Sojuszu. Pełnił również funkcję ambasadora w Estonii i na Słowacji.
Na początku 2016 roku został odwołany ze stanowiska pełnomocnika rządu ds. przygotowań szczytu NATO w Warszawie, na które został wyznaczony jeszcze w czasach rządu PO-PSL i trafił do dyspozycji kadrowej MSZ. Jak pisze Onet Chłoń został uznany za zbyt blisko związanego z poprzednim rządem.
Pozostając bez przydziału wystartował na stanowisko dyrektora Biura Informacyjnego NATO w Moskwie - i wygrał konkurs. NATO zaakceptowało jego kandydaturę. Teraz Chłoń ma jednak problem z uzyskaniem akredytacji z MSZ.
"Pan Tomasz Chłoń, przebywający obecnie na urlopie pracownik MSZ, startował w konkursie na stanowisko dyrektora Biura Informacyjnego NATO w Moskwie bez wiedzy i zgody Ministra Spraw Zagranicznych RP. MSZ nie jest zobowiązane – w takiej sytuacji – do występowania o akredytację do władz państwa przyjmującego, w tym wypadku: do władz rosyjskich" – głosi stanowisko MSZ w tej sprawie.
Onet utrzymuje jednak, że procedura jest inna - Chłoń musi zostać akredytowany przez Polskę.
