Zawodowy dyplomata przez większość kariery zawodowej, pracę w MSZ rozpoczął w 1992 r. Pięć lat później został szefem Biura Łącznikowego RP przy NATO a po przystąpieniu Polski do Sojuszu w 1999 r. – zastępcą Przedstawiciela RP przy pakcie. Kilka miesięcy później został ambasadorem Polski w Iranie, gdzie pozostał do 2002 r.

Po objęciu władzy przez PiS, został w listopadzie 2005 r. podsekretarzem stanu w MSZ a następnie głównym negocjatorem porozumienia z USA o budowie elementów tarczy rakietowej. Z tego projektu Amerykanie wycofali się jednak po dojściu do władzy Baracka Obamy. W sierpniu 2008 r. odwołany z MSZ, zaraz potem został zastępcą szefa BBN. Dwukrotnie, w 2011 i 2015, uzyskał mandat poselski z ramienia PiS.

58-letni Waszczykowski ukończył studia historyczne na Uniwersytecie Łódzkim. Uzyskał też dyplom ze stosunków międzynarodowych University of Oregon. W 1993 r został doktorem nauk humanistycznych.