W domu na Wilczej – zawsze otwartym dla gości – spotykali się dziennikarze i opozycjoniści, m.in. Stefan Bratkowski, środowisko jego „Życia i Nowoczesności", Juliusz Rawicz czy Jerzy Zieleński, dziennikarz pisma „Dookoła Świata", a potem pierwszy redaktor naczelny i współtwórca solidarnościowego „Tygodnika Mazowsze" (w noc stanu wojennego popełnił samobójstwo).
Współpraca z KOR miała doprowadzić do utworzenia niezależnej organizacji studenckiej. Młody narybek uczył się od Kuronia, Romaszewskich, Macierewicza, Jana Józefa Lipskiego czy Anieli Steinsbergowej zasad samoorganizacji, pomocy wzajemnej, interwencji społecznych, drukowania. „Pamiętam moje pierwsze zatrzymanie w 1979 roku – relacjonuje sam Jacek Czaputowicz w Encyklopedii Solidarności. – Zorganizowaliśmy wtedy z krakowskim Studenckim Komitetem Solidarności demonstracje pod ośrodkiem czeskim, podczas procesu Karty 77". Dziś okoliczności tamtego zatrzymania wydają się wręcz symboliczne: międzynarodowy wymiar działalności opozycyjnej był przez lata wyróżnikiem, znakiem firmowym „Czapy" – jak nazywali go koledzy i koleżanki. A forma protestu: pikieta, w wyniku której następuje aresztowanie na oczach przechodniów, powróciła jako przemyślana strategia działań opozycji w połowie lat 80.
Pierwsze doświadczenia polityczne zaowocowały wkrótce powołaniem wiosną 1980 roku Akademickiego Biura Interwencyjnego, w którym aktywni byli działacze z Poznania, Krakowa i Warszawy. A po Sierpniu '80 okazało się, że marzenie o niezależnej studenckiej organizacji jest realne. Studenci wsparli strajki robotników. „10 września z kilkunastoma kolegami z uczelni warszawskich u mnie w domu podpisaliśmy deklarację o powołaniu NZS – opowiada Czaputowicz. – Byliśmy świadomi, że trzeba powołać ogólnopolską organizację pluralistyczną o charakterze związku zawodowego. Mieliśmy świadomość, że aby wygrać z władzą albo choć cokolwiek znaczyć, nie możemy dać się podzielić". Ale grupy założycielskie tworzyły się same w różnych miastach i na różnych uczelniach. Każda miała inną wizję funkcjonowania. Władza sprawnie rozgrywała te różnice. W końcu udało się jednak utworzyć Ogólnopolski Komitet Założycielski, w którego skład wszedł także Czaputowicz. OKZ zwrócił się do... Jarosława Kaczyńskiego o pomoc prawną. Przy tej okazji obecny szef dyplomacji poznał prezesa PiS.
Walka o rejestrację trwała, sądy odrzucały wnioski, studenci strajkowali, a NZS było coraz liczniejsze. Okrzepło. 17 lutego 1981 nastąpiła w końcu rejestracja, a Czaputowicza wybrano do Prezydium, potem został kierownikiem Biura Krajowego i członkiem Komisji Krajowej. W NZS poznał swoją żonę, Magdę. Szybko pojawiły się dzieci. A ich małżeństwo stało się „opozycyjną instytucją". – Magda miała ogromny wpływ na Jacka – mówi Wojciech Borowik. – Pochodziła z rodziny bardzo mocno dotkniętej przez tamten system, to umacniało w nim antykomunistyczne poglądy.
Koniec karnawału
Wraz z ogłoszeniem stanu wojennego zostałem internowany. Przyszli do mnie 13 grudnia o 12 w nocy, pukanie do drzwi i tak dalej..." – wspomina bez większego „kombatanctwa" Czaputowicz. Dla najbliższych tamte zatrzymania były prawdziwym koszmarem. „W nocy z 12 na 13 grudnia zabrano Jacka Czaputowicza. W więzieniach i w »internatach« przebywał przez 11 miesięcy" – opowiadała na swoim blogu koleżanka mamy. „Teresa Czaputowicz – jak wszystkie matki internowanych – usiłowała dowiedzieć się najpierw, gdzie jest, a potem dotrzeć do niego: z paczką, dobrym słowem, pomocą. Wystając w długachnych kolejkach pod murami więzienia czy obozu internowania, na trzaskającym mrozie, przypominała mi te czarno ubrane kobiety z czasów powstania styczniowego, szukające po więzieniach swoich najbliższych. Sama tak kiedyś powiedziała – »te wszystkie panie Rollisonowe...«. Ale nie tragizowała. Swoim spokojem, rozsądkiem, nawet sposobem mówienia – miała taki stonowany, niski, opanowany – głos dodawała innym otuchy".Był internowany w Białołęce, a potem w Strzebielinku, przez prawie cały rok 1982. „Po wyjściu wróciłem na uczelnię – wspominał Czaputowicz – od razu zaczęliśmy działalność. Pozałatwiałem najpierw sprawy rodzinne, wokoło panował marazm, kryzys i przygnębienie. (...) Ludzie się bali". Milicja rozbijała spotkania, czasem nawet towarzyskie. Do tego dochodziła ciągła obserwacja i wezwania.
We trzech, z kolegami z władz NZS: Konstantym Radziwiłłem i Józefem Taranem, reaktywowali Akademickie Biuro Interwencyjne, zbierali pieniądze i pomagali prześladowanym, próbowali koordynować działania rozbitego środowiska studenckiego. Jeszcze podczas internowania napisał tekst opublikowany przez paryską „Kulturę" „NZS i co dalej?", potem ukazał się on w piśmie „Czas Przyszły". W tekście pojawiła się koncepcja bliska Czaputowiczowi od czasów KOR – działania jawnego, pod nazwiskiem, wykorzystywania np. struktur samorządów akademickich, które wywalczono w 1981 roku. Wokół pisma „Czas Przyszły" zaczęło budować się środowisko. Żona Magda była jego sekretarzem.