Możliwość ustalenia płci dziecka była pierwszym etapem rozszerzenia stosowania amniopunkcji, jednego z najważniejszych inwazyjnych badań prenatalnych przeprowadzanych współcześnie. Najważniejszych, bo to właśnie dzięki niej można ustalić, czy dziecko cierpi na zespół Downa, Edwardsa czy Patau. Inwazyjnych, bo aż 1 na 100 kobiet, u których wykonuje się amniopunkcję, doświadcza poronienia w pierwszych 23 tygodniach ciąży.
Samą amniopunkcję stosowano już w XIX wieku. W gruncie rzeczy badanie sprowadzało się jednak wówczas do prostego nakłucia wykonywanego cienką, długą igłą. Lekarze przeprowadzali je u kobiet w trzecim trymestrze ciąży, cierpiących na nadmiar płynu owodniowego. Dopiero w 1930 r. Thomas Orville Menees, J. Duane Miller i Leland E. Holly wykonali amniopunkcję w celu uzyskania amniografii – wizualizacji jamy macicy, łożyska i płodu po wstrzyknięciu do owodni substancji nieprzepuszczającej promieni rentgenowskich.
Igła w macicy
Był to pierwszy taki przypadek w historii medycyny i już wtedy wywołał wiele kontrowersji. Przede wszystkim dlatego, że igłę do macicy ciężarnej wprowadzano „na ślepo", co stanowiło ogromne ryzyko uszkodzenia płodu czy wewnątrzmacicznej infekcji. Na większą precyzję podczas tego zabiegu pozwoliło dopiero zastosowanie ultrasonografu w 1972 r.
W latach 50. XX w. zaczęto wykorzystywać amniopunkcję w diagnozowaniu konfliktu serologicznego, mogącego wystąpić wówczas, gdy matka ma grupę krwi Rh-ujemną, a dziecko Rh-dodatnią. Konsekwencją takiego konfliktu może być m.in. choroba hemolityczna noworodka. A jeszcze wcześniej, bo w 1949 r., kanadyjski badacz Murray Lewellyn Barr ustalił, że w ludzkich komórkach znajdują się małe ciała komórkowe, zwane dziś ciałkami Barra, które mogą być wykorzystane do określenia ludzkiej płci.
Siedem lat później Fritz Fuchs i Povl Riis ustalili, że płeć płodu można określić na podstawie obecności lub braku ciałek Barra w komórkach płodowych uzyskanych z płynu owodniowego właśnie za pomocą amniopunkcji. Odkrycie to zastosowano w 1960 r. także do prenatalnej diagnostyki hemofilii oraz dystrofii mięśniowej Duchenne'a – w 1964 r. Z kolei w 1966 r. Mark W. Steele i William Roy Breg z powodzeniem wyhodowali komórki płodowe uzyskane w wyniku amniopunkcji, co pozwoliło na wykonanie kariotypowania chromosomów, a tym samym na ustalenie metod prenatalnej diagnostyki trisomii 21 czy zespołu Downa.