Wciąż nie znamy przyczyn powstawania chorób psychicznych, ale w świetle obowiązującej hipotezy podatność na zachorowanie jest dziedziczna, a żeby choroba wystąpiła, muszą zadziałać czynniki środowiskowe rozumiane jako szeroko pojęty stres.
Gdy zawodzą mechanizmy obronne, szkodliwe czynniki związane ze stresem mogą doprowadzić do rozwinięcia się skłonności, które mamy zapisane w genach – do zaburzeń lękowych, uzależnień, depresji czy chorób psychicznych. Choroby psychiczne mogą także wyzwolić narkotyki – amfetamina czy marihuana, po które sięgają niekiedy uczniowie cierpiący na fobię szkolną.
Czasami fobia wynika z braku dojrzałości dziecka do rozpoczęcia procesu edukacyjnego. Najlepiej określają ją badania psychologiczne określające asertywność, zdolność do koncentracji czy pamięć operacyjną. Na podstawie takiego badania można ocenić, czy dziecko powinno rozpocząć naukę. W przypadku niektórych dzieci lepiej z tym zaczekać, dlatego rację mają rodzice, którzy twierdzą, że nie wszystkie sześciolatki są gotowe na pójście do szkoły.
A jeśli dziecko już do niej chodzi, należy zwracać uwagę na niepokojące objawy, mogące sugerować, że nie radzi sobie w środowisku, odstaje, staje się ofiarą innych dzieci, jest popychadłem.
Fobia szkolna może dawać objawy somatyczne, takie jak biegunka, bóle brzucha czy nudności. Łatwo je zinterpretować, bo zwykle ustępują, kiedy dziecko nie musi iść do szkoły. Często pojawiają się jednak objawy nieoczywiste – dziecko ma np. kłopoty ze snem albo wykazuje nadmierny apetyt na słodycze, zaczyna się objadać i w efekcie tyje, co daje rówieśnikom kolejny powód do wyszydzania. Wiele dzieci w pierwszych latach nauki zdradza objawy zaburzeń adaptacyjnych, powstałych pod wpływem trudności z dostosowaniem się do nowej sytuacji, ale to często tacy „spóźnialscy w rozwoju". Trzeba pamiętać, że rozwój psychiczny dziecka przebiega etapami. To, że rozwija się ono później od innych, nie musi sugerować, iż wymaga leczenia psychiatrycznego.
