Wybuch afery z ojcem Konradem Hejmą sprawił, że ówczesny prezes IPN Leon Kieres stracił szansę na następną kadencję.
Jednym z mocniejszych kandydatów wydaje się być Andrzej Przewoźnik kierujący Radą Ochrony Pamięci Walk i Męczeństwa. Wtedy zostaje opublikowana notatka niejakiego kaprala Kosiby, z której wynika, że Przewoźnik mógł współpracować z SB. Pojawiają się podejrzenia, że był to przeciek z krakowskiego IPN.
Ale jedyną rzeczą, jaką się udaje ustalić, to to, że notatka nie pochodziła z archiwum IPN. Sam Kurtyka był bardzo wstrzemięźliwy w jej ocenie.
– Na podstawie tego dokumentu formułowanie zdecydowanych stwierdzeń jest metodycznie ryzykowne – mówił.
Do końca życia bardzo go bolało podejrzenie, że to on mógł stać za sprawą notatki Kosiby. Andrzej Przewoźnik zginął w tej samej katastrofie co Kurtyka.
Dziś mało kto pamięta, że Kurtyka nie był kandydatem PiS na stanowisko prezesa IPN. Jego kandydaturę promowali politycy związani z PO Zbigniew Fijak i Jan Rokita. Ale PiS za tą kandydaturą zagłosował.
Jako prezes IPN Kurtyka przeorientował zupełnie Instytut. Jego priorytetem było jak najszybsze udostępnienie akt zainteresowanym. Dziś na dokumenty w IPN czeka się znacznie krócej niż w o wiele bogatszych Niemczech. Kolejnym priorytetem stało się osądzenie zbrodniarzy z lat 70. i 80. To dzięki osobistemu zaangażowaniu Kurtyki na ławę oskarżonych trafili Wojciech Jaruzelski i Czesław Kiszczak.
Najwięcej ataków spadło na Kurtykę za sprawą książki „SB a Lech Wałęsa” Sławomira Cenckiewicza i Piotra Gontarczyka. Choć do dziś nikt nie podważył ustaleń tych dwóch historyków IPN, publikacja ich pracy stała się przyczyną zmiany ustawy o IPN.
Nowelizacja była obliczona głównie na osłabienie niezależności prezesa IPN. Mimo protestów środowisk naukowych i biskupów ustawę przyjęto w najbardziej skrajnej wersji.
Jak ustaliła „Rz”, Lech Kaczyński zamierzał ją skierować do Trybunału Konstytucyjnego. Nie zdążył. – Śmierć Kurtyki to gigantyczna strata dla polskiej nauki. Jednak nie tylko. Wieloma swoimi działaniami dał przykład odwagi, na którą na tym stanowisku już zapewne się nikt nie zdobędzie – mówi „Rz” Cenckiewicz.
– Za słowami i czynami Kurtyki stał ogrom historii i dorobek wielu pokoleń, które w jego wrażliwości mogły liczyć na żywotność i pamięć – zaznacza Dorota Koczwanęska-Kalita, jedna z najbliższych współpracowniczek Kurtyki.