Według oficjalnej wersji 69-letni przywódca zmarł na atak serca w sobotę o 8.30 podczas podróży pociągiem. Reżim poinformował o tym swoich obywateli dwa dni później. Ale zdaniem szefa południowokoreańskiego wywiadu może to nie być prawda. Won Sei Hoon, powołując się na amerykańskie zdjęcia satelitarne, ujawnił, że specjalny pociąg, którym rzekomo miał podróżować w sobotę przywódca, nie opuścił nawet stacji w Pjongjangu.
Już dzień po ogłoszeniu informacji o śmierci Kim Dzong Ila południowokoreańskie media sugerowały, że przywódca padł ofiarą wewnętrznej walki o władzę. Jego usunięcie miało być na rękę generałom zasiadającym w radzie wojskowej, która de facto kontroluje kraj. Od czasu przejęcia władzy w 1994 roku Kim Dzong Il przez trzy lata umacniał swoją pozycję i pozbywał się części dowódców. Potem utrzymywał lojalność pozostałych, rozdając im kosztowne prezenty.
– Wyznaczając na swojego następcę najmłodszego syna, Kim Dzong Il odsunął część generałów, zwłaszcza tych starszych – mówi południowokoreański politolog An Czan Li cytowany przez gazetę "Korea Times".
Kim Dzong Il rzeczywiście obsesyjnie obawiał się zamachu. Podobno miał kilku sobowtórów. Poruszał się też specjalnym, opancerzonym pociągiem. W kwietniu 2004 roku w chwilę po tym, jak pociąg wiozący przywódcę przejechał przez stację kolejową Jongczeon, doszło na niej do potężnej eksplozji. Zginęło ponad 100 osób. Zachodni analitycy skłaniają się do teorii, że była to próba zamachu.
Kim Dzong Il miał jednak poważne problemy zdrowotne. Cierpiał prawdopodobnie na cukrzycę. W 2008 roku dostał wylewu. Zdaniem francuskiego neurochirurga, który go leczył, miał niedowład ręki, nogi i problemy z mówieniem. Jak wynika z ujawnionych przez WikiLeaks depesz dyplomatycznych, zagraniczne służby wywiadowcze oceniały, że nie dożyje 2013 roku.