Trafił tam na początku 1953 roku jako członek spisku lekarzy kremlowskich, „morderców w białych kitlach".
W swoich wydanych właśnie w Polsce wspomnieniach Rapoport odsłania kulisy tych dramatycznych wydarzeń. Nagle wajcha sowieckiej propagandy została nastawiona na tory antysemickie, a czołowi sowieccy lekarze zostali wtrąceni do więzień. Oskarżono ich o próbę zamordowania kierownictwa partyjnego na zlecenie państw imperialistycznych.
„Czego wy ode mnie chcecie? – pytał jeden z przesłuchiwanych. – Przecież się przyznałem, że byłem amerykańskim i angielskim szpiegiem, czy to mało? Niemcy rozstrzelali w Dźwińsku całą moją rodzinę, a wy chcecie, żebym się przyznał, że byłem ich szpiegiem?
W odpowiedzi zwymyślano go wulgarnie: – Gówno, profesorze, nie ma się czego wypierać, byliście niemieckim szpiegiem".
Sam Rapoport przeszedł przez brutalne śledztwo. Komunistyczni oprawcy pozbawiali go snu, zakuwali na całe dnie w kajdany i obrażali. Wielu jego przyjaciół zostało zakatowanych lub zastrzelonych. Jego samego przed kulą w tył czaszki uratowała śmierć Stalina 5 marca 1953 roku.
