Gruziński pozew nie dotyczył jednak nie wojny w 2008 roku, lecz o dwa lata wcześniejszych prześladowań gruzińskich obywateli w Rosji.
Sprawa zaczęła się we wrześniu 2006 roku jako skandal szpiegowski. Gruzińskie MSW aresztowało w Tbilisi i Batumi sześciu rosyjskich oficerów oskarżając ich tylko o szpiegostwo, ale również działalność terrorystyczną i prowadzenie dywersji. Wszyscy zatrzymani byli oficerami rosyjskiego wywiadu wojskowego GRU i służyli w „Grupie wojsk rosyjskich na Zakaukaziu", czyli w rosyjskich garnizonach w Armenii.
Jednocześnie mieli oni stworzyć sieć szpiegowsko-dywersyjną – gruzińska policja aresztowała 11 Gruzinów, których później oskarżono o zdradę. Jesienią 2006 roku Gruzja przekazała wszystkich złapanych oficerów GRU misji OBWE, a ta – Rosji.
W odwecie za aresztowanie swoich oficerów Moskwa zerwała połączenia pocztowe i komunikacyjne (kolejowe i lotnicze) z Gruzją. Przerwano wydawanie wiz obywatelom Gruzji i nałożono embargo na towary stamtąd. Na następne siedem lat z rosyjskich sklepów zniknęły gruzińskie wina i słynna woda mineralna „Borżomi".
Gruzja zaskarżyła jednak przed Trybunał to, co stało się już po rozpoczęciu przez Rosję „wojny handlowej". Przez główne miasta Rosji przetoczyły się bowiem prawdziwe obławy na Gruzinów.