Dymisja dotychczasowego p.o. szefa kontrywiadu wojskowego to efekt głośnej przeprowadzki archiwum komisji weryfikacyjnej WSI. Jak napisał „Dziennik”, w ostatnim dniu rządów PiS pod osłoną nocy dokumenty przewieziono z dotychczasowej siedziby przy ul. Oczki w Warszawie do budynku prezydenckiego Biura Bezpieczeństwa Narodowego. Przewodniczący komisji weryfikacyjnej Jan Olszewski tłumaczy to względami praktycznymi. Stanowczo zaprzecza, by powodem była chęć ukrywania czegokolwiek przed nową władzą lub kopiowania jakichkolwiek dokumentów.
Mimo to Bogdan Klich zapowiedział wyciągnięcie konsekwencji wobec p.o. szefa kontrwywiadu już w poniedziałek. Ostateczną decyzję podjął późnym wieczorem tego dnia, gdy zapoznał się z raportem kontrwywiadu wojskowego na temat okoliczności przenosin archiwum. – Utraciłem do niego zaufanie – tak Klich tłumaczy „Rz” powody dymisji Kowalskiego.
Szef resortu obrony mówił także, że najważniejszą informacją, jaką znalazł w raporcie kontrwywiadu na temat przeprowadzki, było to, że służba podległa Kowalskiemu bezpośrednio uczestniczyła w przekazywaniu dokumentów komisji do siedziby BBN. Ministra Klicha zbulwersowało to dlatego, że p.o. szefa SKW zwlekał wcześniej z wyjaśnieniem mu okoliczności przenosin archiwum. Choć z powodu zaangażowania swojej służby w operację, musiał o niej wiedzieć. Gdy w sobotę ukazały się informacje o przenosinach, Kowalski się nie stawił osobiście na wezwanie Klicha, który zażądał wyjaśnień. Wysłał współpracownika. Nie on się podpisał też pod meldunkiem dla ministra na temat sygnałów o kopiowaniu dysków komputerowych komisji weryfikacyjnej.
Płk Andrzej Kowalski był zaufanym człowiekiem Antoniego Macierewicza. Na czele kontrwywiadu wojskowego stanął 5 listopada po rezygnacji Macierewicza z tej funkcji. Trafił tam z ABW. Na swojego następcę wskazał go sam Macierewicz.
