„Mimo że organy państwowe nie sformułowały jakichkolwiek zarzutów wobec mnie, jestem obiektem niesprawiedliwych ataków, które stały się obciążeniem dla premiera, rządu i ministra obrony narodowej. W związku z powyższym postanowiłem złożyć dymisję" – napisał Skrzypczak w oświadczeniu.
Jednak brak dostępu do tajemnic państwowych to nie największy problem Skrzypczaka. Odebranie certyfikatów to tylko konsekwencja podejrzeń, które pod adresem generała sformułowała SKW. Jak ujawniliśmy pod koniec lipca w „Rz", kontrwywiad skierował w tej sprawie doniesienie do prokuratury. A we wrześniu prokuratura wszczęła śledztwo ws. „podejrzenia przyjęcia korzyści majątkowej przez osobę pełniącą funkcję publiczną". Chodzi m.in. o podejrzenia dotyczące prób ustawienia przetargów na zakup samolotów bezzałogowych (tzw. dronów), a także bezzałogowych wież do transporterów opancerzonych Rosomak.
Skrzypczak jako wiceminister obrony odpowiadał za wielomiliardowe zakupy sprzętu dla wojska. Prokuratura bada m.in. podejrzane kontakty generała z lobbystą izraelskich koncernów zbrojeniowych Michaelem Menachemem (vel Mieczysławem) Bullem.
Skrzypczak zdecydowanie zaprzecza korupcyjnym podejrzeniom i oskarża SKW o to, że go inwigilowała. Rzeczywiście, w trwającej przez dwa lata operacji przeciw Skrzypczakowi SKW użyła pełnej palety technik operacyjnych, w tym podsłuchów. Rejestrowane były także spotkania Skrzypczaka i Bulla. Tropiono nawet przecieki wewnątrz SKW, usuwając jednego z oficerów śledczych podejrzewanego o kontakty ze Skrzypczakiem. Po skierowaniu przez SKW doniesienia przeciw Skrzypczakowi premier odwołał szefa tej służby gen. Janusza Noska.
Generał Skrzypczak był w ostatnich latach najbardziej wpływowym człowiekiem w polskiej armii. Dyplomowany pancerniak, zaczynał jeszcze w Wojsku Ludowym. W wojsku doszedł bardzo wysoko – w latach 2006–2009 był dowódcą wojsk lądowych. Odszedł po ostrym konflikcie z ministrem obrony Bogdanem Klichem. Bezpośrednią przyczyną było wystąpienie po śmierci kpt. Daniela Ambrozińskiego w Afganistanie, w którym generał zaatakował cywilne kierownictwo MON.
Premier przypomniał sobie o Skrzypczaku przed wyborami w 2011 r., gdy zabiegał o głosy wojska. W świetle kamer ściągnął go na doradcę do MON, a po wygranych wyborach – powołał na wiceministra. Dymisja może oznaczać koniec tej błyskotliwej kariery.