Procedura objęcia chorego na nowotwór leczeniem w programie zdrowotnym musi przebiegać dwuetapowo. Najpierw szpital hospitalizujący pacjenta musi wystąpić o pozwolenie do wojewódzkiego oddziału NFZ, a później dyrektor tego oddziału powinien przesłać wniosek placówki do Ministerstwa Zdrowia. Ta procedura nie wynika jednak jasno z przepisów, co potwierdza spór między prezesem centrali NFZ a ministrem.
Dyrektor jednego ze szpitali, który miał na oddziale chorego na nowotwór, uznał, że trzeba leczyć go chemią, ale niestandardową. Złożył więc wniosek o sfinansowanie programu zdrowotnego do oddziału NFZ, a jego dyrektor wydał zgodę na zrefundowanie niestandardowego leczenia pacjentowi.
Tymczasem minister zdrowia dopatrzył się w dokumentacji zbiorczej centrali NFZ, że jeden z dyrektorów samodzielnie wydał zgodę na leczenie pacjenta chemią niestandardową. Minister podjął więc działania nadzorcze wobec prezesa centrali NFZ, nakazując mu wykonywanie nowej procedury.
Wedle niej jeżeli szpital zwróci się do dyrektora oddziału po raz kolejny z podobnym przypadkiem, dyrektor nie może podjąć samodzielnie decyzji, ale ma skierować wniosek do ministerstwa. Następnie eksperci podległej resortowi Agencji Oceny Technologii Medycznych (AOTM) stwierdzą, czy niestandardowe leczenie chorego przyniesie mu korzyść.
Z taką interpretacją przepisów nie zgodził się prezes NFZ, uznając, że minister nakłada na niego dodatkowe obowiązki, niewynikające z ustawy o świadczeniach opieki zdrowotnej finansowanych ze środków publicznych. Odwołał się od decyzji ministra do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie (Sygnatura akt: VI SA/Wa2188/11).