Zdaniem ministra finansów – mimo zmiany przeznaczenia i używania infrastruktury do celów działalności opodatkowanej VAT, gminy nie mają prawa do odliczenia podatku naliczonego, gdyż w momencie realizacji inwestycji nie działały w charakterze podatnika VAT.
Dotychczasowa praktyka i wątpliwości
Kwestie związane z odliczaniem podatku naliczonego związanego z inwestycjami samorządowymi w infrastrukturę gminną (np. wodociągi i kanalizacje, obiekty sportowe, inne obiekty użyteczności publicznej takie jak ratusze, targowiska, domy i centra kultur, w tym świetlice wiejskie) jest tematem, który już od wielu lat absorbuje jednostki samorządu terytorialnego, ich jednostki organizacyjne i spółki komunalne, a także organy podatkowe i sądy. Gminy z lepszym lub gorszym skutkiem próbują odzyskiwać podatek naliczony, który został poniesiony w związku z ukończonymi, dopiero realizowanymi bądź planowanymi inwestycjami.
Widać to choćby po licznych interpretacjach indywidualnych prawa podatkowego, które stały się jednym z najważniejszych narzędzi wykorzystywanych do planowania podatkowego w gminach. W praktyce bowiem rzadko który włodarz czy skarbnik zdecyduje się na podjęcie działań związanych z odliczaniem podatku VAT, zanim prawidłowość jego stanowiska w konkretnej sytuacji nie zostanie potwierdzona przez właściwego dyrektora izby skarbowej (DIS) wydającego interpretacje indywidualne w imieniu ministra finansów.
Często gminy występowały o takie interpretacje w sytuacji, gdy dany obiekt był przez pewien czas po jego oddaniu do użytkowania wykorzystywany do czynności niepodlegających VAT, a po roku lub więcej miała miejsce tzw. zmiana przeznaczenia infrastruktury. Następowało to poprzez wniesienie majątku gminy aportem do spółki komunalnej albo wydzierżawienie tudzież oddanie infrastruktury (np. wodociągowej, kanalizacyjnej lub sportowej) w innej odpłatnej formie do zewnętrznego podmiotu, np. do wyspecjalizowanej zewnętrznej spółki albo klubu sportowego. Jeden z najsłynniejszych przypadków takich działań to choćby wydzierżawienie na rzecz Legii Warszawa S.A. przez władze miasta stołecznego Warszawy Stadionu Wojska Polskiego im. marszałka Józefa Piłsudskiego w Warszawie (Pepsi Arena).
Ponadto niektóre gminy (np. przy pomocy wewnętrznego referatu) rozpoczynały prowadzenie działalności opodatkowanej za pomocą takiego obiektu albo oddawały go w odpłatne użytkowanie samorządowym instytucjom kultury lub własnym jednostkom organizacyjnym takim jak zakłady i jednostki budżetowe.