W projekcie, który jest obecnie procedowany w Sejmie proponuje się, aby członkowie Krajowej Rady Sądownictwa selekcjonowani byli z grona kandydatów wysuniętych przez parlamentarzystów i sądownictwo, a następnie wybierani w głosowaniu przez Sejm po wstępnym wyborze dokonanym przez Pana jako reprezentanta Sejmu.
Zdaniem Nilsa Muiżnieksa taka procedura budzi obawy w kontekście konstytucyjnej zasady rozdziału władzy, a także niezależności wymiaru sprawiedliwości, gdyż faktycznie oznacza przekazanie uprawnień wyboru sędziowskich członków Rady należących dotąd do sądownictwa, na rzecz władzy ustawodawczej. – Zasady te są ugruntowane na arenie międzynarodowej, co odzwierciedlają odpowiednie zalecenia Komisji Weneckiej i Rady Konsultacyjnej Rady Europy (CCJE) Rady Europy, a także zapisy Konstytucji RP – wskazuje komisarz.
Muiżnieks zwraca uwagę, iż zasady opracowane przez Europejską Sieć Rad Sądownictwa (ENCJ) przewidują przy tym, że mechanizm mianowania członków sądowych rady sądownictwa winien wykluczać wszelkie ingerencje władzy wykonawczej lub ustawodawczej, a wybór sędziów powinien być dokonywany wyłącznie przez innych sędziów.
Komisarz ma też zastrzeżenia do nowej struktury KRS. W myśl projektu mają powstać dwa odrębne "Zgromadzenia", jedno powoływane głównie przez władzę ustawodawczą i wykonawczą, a drugie złożone z sędziów, zaś wszystkie decyzje dotyczące powołań sędziowskich wymagałyby zgody obu Zgromadzeń. - Uważam, że ta propozycja niesie ze sobą wysokie ryzyko zapaści i upolitycznienia procesu podejmowania decyzji, jako że pozwala każdemu ze Zgromadzeń zablokować proces powołań sędziowskich – pisze Nils Muiżnieks. -Utworzenie "zgromadzeń" mających faktycznie prawo wzajemnego weta oznacza, że w efekcie to władza ustawodawcza i wykonawcza, a nie jak przedtem sądownictwo, miałyby decydującą rolę w powoływaniu sędziów i asesorów – wskazuje komisarz, dodając, iż jego zdaniem rozwiązanie to, które w praktyce dzieli Radę na dwie odrębne podjednostki, nie ma podstaw w Konstytucji RP.
Muiżnieks krytykuje też proponowane w projekcie wygaszenie kadencji wszystkich sędziów obecnie zasiadających w Radzie, w ciągu trzydziestu dni od wejścia w życie nowej ustawy. - Skrócenie kadencji obecnych członków Rady spowodowałoby odwrócenie konstytucyjnej równowagi sił, stwarzając sytuację, w której władza ustawodawcza może z własnej woli wypowiedzieć mandat organów konstytucyjnych, pozbawiając je niezależności. Proponowane przepisy mogą zakłócać bezpośrednio gwarancje z art. 6 Europejskiej Konwencji o Ochronie Praw Człowieka (prawo do sprawiedliwego procesu) w takim zakresie, że obecni członkowie nie byliby w stanie zakwestionować wygaszenia swoich mandatów, przed organem sądowym. Mogą też być sprzeczne z Konstytucją RP, która przewiduje, że kadencja członków Rady wynosi cztery lata – pisze Komisarz Praw Człowieka Rady Europy.