Przy niemal pustych ławach poselskich uzasadnienie nowelizacji przedstawiła minister Małgorzata Paprocka z Kancelarii Prezydenta, podkreślając, że głowa państwa uważa za "absolutnie konieczne" powołanie komisji, i to jak najszybciej.
Projekt zakłada zniesienie najbardziej kontrowersyjnych - zdaniem prezydenta - zapisów ustawy, m.in. możliwość odwołania się od decyzji komisji do sądu administracyjnego. W prezydenckiej nowelizacji odwołanie ma rozpatrywać sąd powszechny, w komisji nie mogą zasiadać członkowie parlamentu, a środki zaradcze (m.in. zakaz sprawowania funkcji publicznych, zakaz dostępu do informacji objętych tajemnicą państwową, zakaz posiadania broni) zostają usunięte.