Tak wynika z wyroku WSA w Poznaniu z 13 października 2009 r. (I SA/Po 464/09).
Spółka, w związku z prowadzoną działalnością gospodarczą, nabyła nieruchomość. Transakcja ta była zwolniona z VAT. Następnie ponosiła wydatki na jej ulepszenie i skorzystała z prawa do odliczenia od nich VAT.
Zamierzając wnieść całą nieruchomość aportem do nowo powstającej spółki komandytowej, w której będzie komandytariuszem, spółka wystąpiła z wnioskiem o interpretację przepisów. Pytała, czy będzie zobowiązana do skorygowania wcześniej odliczonego podatku naliczonego od wydatków związanych z ulepszeniami nieruchomości. Zdaniem spółki, w świetle obowiązujących przepisów o VAT, nie ciąży na niej taki obowiązek.
Organ podatkowy uznał, że spółka wnosząc nieruchomość aportem do spółki prawa handlowego, w sytuacji gdy aport ten korzysta ze zwolnienia od VAT, ma obowiązek odpowiednio skorygować wcześniej odliczony podatek naliczony, zawarty w fakturach VAT dokumentujących poniesione nakłady.
WSA przyznał rację podatnikowi i uchylił zaskarżoną interpretację. Stwierdził, że w tytule IX dyrektywy 2006/112/WE wymienione zostały enumeratywnie czynności, które mogą podlegać zwolnieniu. Wniesienie aportu nie mieści się w tym katalogu. Ustawodawca nie mógł tej czynności zwolnić od podatku, mógł natomiast uznać ją za neutralną w zakresie VAT, czego nie zrobił.