Dla pełnego opisu wzajemnych relacji między opisanymi organami dodać należy, iż dyrektor sądu oraz kierownik finansowy sądu podlegają służbowo prezesowi sądu, z wyjątkiem zadań związanych z dysponowaniem budżetem sądów na obszarze apelacji oraz sprawowania kontroli gospodarki finansowej i gospodarowania mieniem Skarbu Państwa przez te sądy, gdzie dyrektor sądu apelacyjnego podlega bezpośrednio ministrowi sprawiedliwości, dyrektor sądu okręgowego – dyrektorowi sądu apelacyjnego, a kierownik finansowy sądu rejonowego – dyrektorowi danego sądu okręgowego. Dyrektora sądu apelacyjnego, dyrektora sądu okręgowego oraz kierownika finansowego sądu rejonowego powołuje i odwołuje odpowiednio – na wniosek prezesa danego sądu apelacyjnego, okręgowego albo rejonowego, minister sprawiedliwości.
Administracyjną działalność sądów podzielono na dwie sfery: pierwszą związaną z zapewnieniem odpowiednich warunków techniczno-organizacyjnych i majątkowych funkcjonowania sądu oraz drugą dotyczącą zapewnienia właściwego toku wewnętrznego urzędowania sądu, bezpośrednio związanego z wykonywaniem przez sąd zadań z zakresu wymiaru sprawiedliwości i ochrony prawnej. Zabieg taki uznać należy jedynie za pewne techniczne uporządkowanie katalogu kompetencji organów sądu.
Pierwsza sfera aktywności została powierzona wyłącznej kompetencji dyrektora sądu, przy czym projektodawca opisał te zadania jako dotyczące: zakresu finansowego, gospodarczego, kontroli finansowej, gospodarowania mieniem Skarbu Państwa, audytu wewnętrznego oraz zwierzchnictwa służbowego i pracowniczego wobec pracowników sądu, z wyłączeniem sędziów, referendarzy sądowych oraz asystentów sędziów. W zakresie zadań i kompetencji dotyczących dysponowania budżetem sądów na obszarze apelacji oraz sprawowania kontroli gospodarki finansowej i gospodarowania mieniem Skarbu Państwa dyrektor sądu apelacyjnego ma podlegać, podobnie jak obecnie, bezpośrednio ministrowi sprawiedliwości, a dyrektorzy sądów okręgowych i rejonowych – dyrektorowi przełożonego sądu apelacyjnego. Dalej stwierdza się, iż dyrektor reprezentuje Skarb Państwa w odniesieniu do powierzonego mienia i zadań sądu.
Druga sfera administracyjnej aktywności sądów została pozostawiona prezesowi sądu. Prezes, będąc zwierzchnikiem służbowym sędziów, referendarzy sądowych oraz asystentów sędziów danego sądu, powierza sędziom i referendarzom pełnienie funkcji i zwalnia z ich pełnienia, chyba że ustawa stanowi inaczej, i dokonuje analizy orzecznictwa w kierowanym sądzie pod względem poziomu jego jednolitości i informuje sędziów o wynikach tej analizy. Dalej projektodawca postanowił, iż prezes kieruje sądem i reprezentuje go na zewnątrz z wyjątkiem spraw należących do kompetencji dyrektora sądu.
W sposób specyficzny projekt określa wzajemne relacje tych dwóch organów sądów. Projektodawca założył, iż prezes, będąc zwierzchnikiem służbowym dyrektora sądu (z zastrzeżeniem podległości dotyczącej dysponowania budżetem), wykonuje względem niego czynności z zakresu prawa pracy, z wyjątkiem czynności zastrzeżonych dla ministra sprawiedliwości, oraz co najmniej raz w roku określa potrzeby sądu konieczne dla zapewnienia warunków prawidłowego funkcjonowania i sprawnego wykonywania przez sąd zadań orzeczniczych. Nie może jednak wydawać dyrektorowi sądu poleceń, zastrzeżonych do jego wyłącznej kompetencji.
Dalej ustalono, iż dyrektora będzie powoływał minister na wniosek prezesa sądu. Minister również ustali wynagrodzenie dyrektora i ewentualnie przyzna mu dodatek specjalny. Minister odwoła dyrektora z własnej inicjatywy bądź jeżeli ten nie uzyska skwitowania sprawozdania z rocznej działalności sądu udzielonego przez zgromadzenie sędziów apelacji.