Spory wokół książki, w której dwaj pracownicy IPN zawarli informacje i sądy na temat, oczywistej ich zdaniem, współpracy Lecha Wałęsy ze służbami specjalnymi PRL, wpisują się w szerszy kontekst aksjologiczny. Chodzi o to, jakim wartościom służyć winny badania naukowe i czy zawsze są one im bezwzględnie wierne.
Każdy chyba przyzna, że fundamentalnymi wartościami w życiu współczesnych społeczeństw, należących do tego samego co społeczeństwo polskie kręgu kulturowego, są: prawda, dobro, piękno i sprawiedliwość. Wspomina o nich między innymi preambuła do Konstytucji RP z 1997 r., uznając, być może zbyt optymistycznie, że są to wartości o uniwersalnym zasięgu. Rozumienie tych wartości może być i bywa przedmiotem dyskusji. Nie mają one bowiem jednego i powszechnie akceptowanego znaczenia. Ich ustalanie od wieków przyciąga uwagę filozofów i teologów.
Zgódźmy się jednak, że dla nauki wartością podstawową jest prawda. Zgódźmy się także, że dla potrzeb nauki prawda jawi się w swojej klasycznej postaci jako zgodność rzeczy i intelektu, czyli odpowiedniość między faktami a ich obrazem ujętym w upublicznianym przez badaczy i dotyczącym ich przekazie. Nie jest i nigdy nie było tak, że prawdę w nauce ustala się raz na zawsze. Przeciwnie, jest ona czymś zmiennym, ewoluującym, doskonalącym się, rozwijającym wraz z postępem badań.
To, że znana nam materia ma strukturę atomową, jest prawdą przyjmowaną (przynajmniej przez niektórych) od dawna, ale nie jest to pełna prawda. Nie jest zapewne taką prawdą i to, co mają do powiedzenia na temat budowy materii najwybitniejsi fizycy XXI wieku. Być może nigdy się nie dowiemy, jak w tej dziedzinie przedstawia się „cała prawa”, po której ustaleniu badacze nie będą mieli już nic do roboty. Prawda w nauce istnieje, ale istnieje bardziej w postaci nieustannego dążenia do jej odkrywania, niż jako wiedza zupełna, ostateczna i niepodważalna.
A co z innymi wartościami? Piękno nie bywa z reguły przedmiotem poszukiwań naukowych. Słychać wprawdzie, że matematycy czy fizycy pewne formuły i równania nazywają pięknymi czy eleganckimi dla ich trafności ujętej w zgrabną formę, ale jest to tylko przenośnia. Ustalanie, co i dlaczego ludzie tych czy innych epok uważają za piękne, jest oczywiście przedmiotem badań naukowych. Ale nie należy do zadań nauki tworzenie wiążących kogokolwiek kanonów piękna.